對食品加工來講，通過控制病原體所需的營養成分來控制病原體難以達到目的，因為除特別情形之外，大多數食品為病原體生長提供了充足的營養。食品加工可以通過分別控制食品中水分活度和pH值，或通過特定的包裝技術調節氣體來控制病原體的生長。

每種微生物生長都有最低、最佳、最高pH值，酵母菌和霉菌可在低pH下生長，當pH值為4.6或以下時可抑制致病菌生長和產生毒素。但有些病原體，特別是艾希氏大腸桿菌0157:H7，雖然在酸性條件下生長被抑制，仍可存活較長時間。pH 是一種抑制病菌生長的方法，而不能破壞現存的致病菌。但是，在低pH值保持時間較長時，很多微生物將被破壞。

pH 4.6 是酸性食品和低酸食品的分界限。有些食品開始是低酸食品，加工后成為酸性食品。天然酸性食品是那些自然含酸的食品，大部分水果屬天然酸性的食品。但有些熱帶水果如菠蘿，根據生長條件pH可能大于4.6。低酸食品包括含蛋白質食品、各種蔬菜、淀粉質食品及其它多種食品。酸化是直接向低酸食品加酸的過程。目標通常為 pH 4.6或更低。

這些食品稱為酸化食品，要符合相應的法規如FDA 21CFR PART 114。有些情況食品雖然經過加酸，但最終pH仍高于4.6，這就需要其他方法來加以控制，如冷藏。發酵是使用某些無害微生物來促進食品化學變化的過程。這些微生物作用的結果是產生酸或乙醇。細菌一般產生醋酸或乳酸，酵母菌一般產生乙醇。

通過發酵產生酸或乙醇有兩個目的。一是賦予食品特定的品質以產生預期的味道或均勻結構。酸奶就是通過發酵加工具有獨特的香味和結構。另一個目的是食品防腐，如腌漬產品，但這類發酵食品的pH一般達不到4.6或以下，所以在冷藏溫度下貯存才是安全的。 

向產品中加酸有幾種不同方法：一種方法稱為直接酸化，即在生產低酸食品過程中，在單個制成品容器中加入預先確定數量的酸。用此方法，重要的是加工者控制酸與食品比例，酸化蔬菜最常用的方法。另一種方法是批酸化，顧名思義，酸和食品大批混合后讓其平衡，然后包裝酸化食品。添加的酸有很多種，主要有醋酸、乳酸和檸檬酸，根據預期成品的特性而選用。

除用酸酸化食品外，可用天然酸性食品如蕃茄作為添加配料，來酸化低酸食品。使用蕃茄的產品包括裝有整形芹菜、洋蔥或辣椒意大利面條醬。罐裝蕃茄通常pH為約4.2，而其它蔬菜為低酸性。

如制成食品的pH不同于酸性原料的pH，則認為該食品是酸化的，并適用于法規。例如，蕃茄原料pH是4.2，如制成品pH是4.5則食品已經酸化了，因為蕃茄中的部分酸被用來酸化蔬菜。或者，如制成品pH仍為4.2，則用來酸化蔬菜的蕃茄中的酸量沒有明顯變化，在這種情況下該產品不適用于酸化食品法規，并且認為不是配制成的酸性食物。這樣的食品包括有芥木、蕃茄醬、沙拉調料和其它調味品，都是貨架穩定的食品。

酸化食品加工者需科學地設定加工過程以保證最終pH肯定低于4.6。加工者需對每批制成品測試平衡后的pH ，因為所有配料達到自然pH平衡，這對較大顆粒食品可能需長達10天的時間。需經幾天達到平衡pH的產品在這段時間里可能需要冷藏，以防止肉毒梭菌或其它病原體的生長。為加速測試過程，可將產品混成均勻糊狀。均質含油的食品時，均質前應將油除去。另一種方法是在產品加油前測試pH，因為油不影響最終pH。

按配方配制的酸化食品和酸性食品的，必須進行充分地熱處理以滅活腐敗微生物和病原體的繁殖體。其原因有兩個，一是防止腐敗導致經濟損失，另外是腐敗生物的繁殖可使pH升高，危及產品的安全。 

加工者多數選用pH計，但也可使用指示溶液、試紙或進行滴定，確保最終pH低于4.0。

在酸泡菜、發酵香腸、奶酪、甜酸泡菜、橄欖和酪乳的生產中，發酵時細菌產生了乳酸。霉菌也用于某些食品的發酵，主要是為了味道和其它特性，如醬油。

發酵一方面需要促進好的微生物生長，同時一方面阻止會引起腐敗的不良微生物生長。通常的作法是向食品中加鹽或發酵劑，或在某些情形中將其輕微地酸化。發酵劑可以是酵母菌或細菌。在很多發酵產品中，一個普遍現象就是沒有消除產酸細菌的加工過程。所以大部分發酵產品必須保持冷藏，以保證發酵細菌不會使產品腐敗。

有些獨特風味的產品如醬油外表像是高水分產品，但因鹽、糖或其它成分結合了水分，它們的水分活度很低，其水分活度在0.80左右。因果醬和果凍的水分活度可滿足酵母菌和霉菌生長，它們需在將包裝前輕微加熱將酵母菌霉菌殺滅以防止腐敗。

控制水分活度降低食品中水分有兩種傳統方法，即干燥和加鹽或糖結合水分子。

零售和家庭冰箱的溫度常常不能控制在能充分阻止肉毒梭菌生長的溫度。單獨通過真空包裝、部分蒸煮、冷藏保存不能作為唯一的屏障。因此為了產品的安全，在加工、貯存和銷售過程中必須嚴格控制冷藏。