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檢測方法
大腸菌群檢測的關鍵在于方法的選用，食品中大腸菌群檢測有兩種表示方法，其一是以100mL(g)檢樣內大腸菌群最大可能數(MPN)表示，檢測方法需使用GB/T 4789.3-2003《食品衛生微生物學檢驗大腸菌群測定》；
其二以每g(mL)樣品中大腸菌群的MPN值表示，檢測方法需使用GB 4789.3-2016《食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸菌群計數》。GB/T 4789.3-2003《食品衛生微生物學檢驗 大腸菌群測定》雖然被后更新的方法代替，但衛生部關于規范食品中大腸菌群指標的檢測工作公告(2009年 第16號)明確指出，為規范食品中大腸菌群指標的檢測工作公告如下：
現行食品標準中規定的大腸菌群指標以“MPN/100克或MPN/100毫升”為單位的，適用《食品衛生微生物學檢驗大腸菌群測定》(GB/T 4789.3-2003)進行檢測;以“MPN/克或MPN/毫升”、“CFU/克或CFU/毫升”為單位的，適用《食品衛生微生物學檢驗大腸菌群計數》(GB/T4789.3-2008)進行檢測。后GB/T 4789.3-2008被GB 4789.3-2016替代，故檢測樣品前需根據產品標準認真選擇方法。
例如，GB/T2717-2003醬油衛生標準中對大腸菌群的要求需使用方法一GB/T 4789.3-2003。又如GB/T 2718-2014醬油衛生標準中對大腸菌群的要求需使用方法二GB4789.3-2016。
MPN檢索表使用
GB/T 4789.3-2003檢索表中陽性管數是以1mL(g)×3、0.1mL(g)×3和0.01mL(g)×3的梯度進行表示，GB 4789.3-2016陽性管數是以0.10、0.01和0.001的梯度表示,均按照稀釋倍數推算結果，結果相同。推算方法以GB 4789.3-2016為例，改用1g(mL)、0.1g(mL)和0.01g(mL)時，表內數字應相應降低10倍;如改用0.01g(mL)、0.001g(mL)和0.0001g(mL)時,則表內數字應相應增高10倍,其余類推即可。
常用標準
1、 GB/T 4789.3-2003 食品衛生微生物學檢驗 大腸菌群測定
2、 GB 4789.3-2016 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸菌群計數
3、GB 4789.28-2013 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 培養基和試劑的質量要求
4、 GB 4789.1-2016 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 總則
5、GB 4789.41-2016 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 腸桿科檢驗
6、 GB/T 27405-2008 實驗室質量控制規范 食品微生物檢測
7、GB/T 16294-2010 醫藥工業潔凈室（區） 沉降菌的測試方法
常見問題及解答
1、如何選擇檢測方法？
答：你要根據產品的執行標準去選擇檢測方法，不是說你喜歡那種就可以用那種。
2、03版的結果能不能和10版的結果進行換算和比較？
答：其實換算是不行的，這個兩個不同的標準。如果只是進行比較兩個結果是可以的，但是不建議。
2、同一批產品，檢測的兩份結果不一樣，是不是那里出問題？
答：其實不是出問題，這個是正常的，同一批產品不代表他們的微生物檢測結果是一模一樣的，如果是這樣也沒必要做五份去驗證產品合格了吧？如果說同一份樣品（制成一份樣）出現結果差好遠的話，這里就要去分析那里出問題。
樣品采集
怎樣采樣，才能使樣品具有代表性？
這里將樣品分為兩類：預包裝食品和散裝食品或現場制作食品
1、對于預包裝食品
① 應采集相同批次、獨立包裝、適量件數的食品樣品，每件樣品的采樣量應滿足微生物項目檢驗的要求。
② 獨立包裝小于、等于1000g 的固態食品或小于、等于1000mL 的液態食品，取相同批次的包裝。
③ 獨立包裝大于1000mL 的液態食品，應在采樣前搖動或用無菌棒攪拌液體，使其達到均質后采集適量樣品，放入同一個無菌采樣容器內作為一件食品樣品；大于1000g 的固態食品，應用無菌采樣器從同一包裝的不同部位分別采取適量樣品，放入同一個無菌采樣容器內作為一件食品樣品。
2、對于散裝食品或現場制作食品
用無菌采樣工具從 n 個不同部位現場采集樣品，放入 n 個無菌采樣容器內作為 n 件食品樣品。每件樣品的采樣量應滿足微生物項目檢驗單位的要求。
培養基制備過程容易出現問題解答
原因分析：
①制備過程中過度加熱；
②低pH造成培養基酸解；
③稱量不正確；
④瓊脂未完全溶解；
⑤培養基成分未充分混勻。
2、異常現象二：pH不正確
原因分析：
①制備過程中過度加熱；
②水質不佳；
③外部化學物質污染；
④測定pH時溫度不正確；
⑤pH計未正確校準；
⑥脫水培養基質量差。
3、異常現象三：顏色異常
原因分析：
①制備過程中過度加熱；
②水質不佳；
③pH不正確；
④外來污染；
⑤脫水培養基質量差。
4、異常現象四：產生沉淀
原因分析：
①制備過程中過度加熱；
②水質不佳；
③脫水培養基質量差；
④pH計未正確控制。
5、異常現象五：培養基出現抑制/低的生長率
原因分析：
①制備過程中過度加熱；
②脫水培養基質量差；
③水質不佳；
④使用成分不正確，如：成分稱量不準，添加劑濃度不正確；
⑤制備容器或水中的有毒殘留物。
6、異常現象六：選擇性差
原因分析：
①制備過程中過度加熱；
②脫水培養基質量差；
③配方使用不對；
④添加成分的加入不正確，例如加入添加成分時培養基過熱或添加濃度錯誤；
⑤添加劑污染。
7、異常現象七：污染
原因分析：
①不適當的滅菌；
②無菌操作技術存在問題；
③添加劑污染。
實驗過程
1、2016版平板法VRBA傾注完，待瓊脂凝固后為什么需要加3-4mL的覆蓋層？
A：因為大腸菌群是需氧及兼性厭氧的，再加一層瓊脂相當于造就一個半厭氧環境，促進兼性厭氧菌的生長，同時抑制其他菌的生長。除此之外，還有防止菌落蔓延的作用，防止遷徙性菌落對菌落計數構成影響。例如一些變形桿菌就會有遷徙現象，從而導致菌落長成一片無法區分。在表面多覆蓋一層培養基就可以避免這種情況的發生。
2、GB 4789.3-2016平板法驗證菌落如何挑取？
A：分別計數平板上出現的典型和可疑大腸菌群菌落數。按比例挑取10個不同類型的典型和可疑菌落,少于10個菌落的挑取全部典型和可疑菌落。
結果處理
1、所有稀釋度都不在計數范圍內怎么辦？
這種情況一般都是最低稀釋度的平板都小于15CFU，這種情況就是以最低稀釋度的平板菌落數乘以驗證試驗的比例來計算。例如10倍稀釋的兩個平板上菌落數分別為10、8，菌落數為10的平皿挑取10個菌落復發酵中有8個菌落產氣，菌落數為8的平皿挑取8個菌落復發酵中有7個菌落產氣，則計算過程是這樣的：(10*8/10+8*7/8)/2*10=75CFU/g（mL）。
2、連續兩個稀釋度的四個平皿的菌落數都在計數范圍內怎么辦？
這個需要參考菌落總數檢測國標里7.1.2里的公式計算。我們需要先計算每個平皿的驗證后的菌落數，再代入公式計算即可。例如10倍稀釋度兩個平皿菌落數為120和125,100倍稀釋度兩個平皿的菌落數為17和16，經過復發酵驗證產氣的管數分別為7、8、8、8，則我們先計算每個平皿上的菌落數分別為120*7/10=84,125*8/10=100,17*8/10=13.6（我們計14），16*8/10=12.8（我們計13），然后將84、100、14、13四個數代入公式:（84+100+14+13）/（2+0.2）*10=959，結果應報告960CFU/g（mL）。
3、只有一個稀釋度的一個平皿的菌落數在計數范圍，其他均不在計數范圍怎么辦？
這樣我們只需要復發酵驗證這一個平皿即可，根據這一個平皿的菌落數進行報告。例如10倍稀釋度兩個平皿菌落數為160和142,100倍稀釋度兩個平皿的菌落數為12和13，則我們只需要從菌落數為142CFU的平皿里挑取10個菌落進行復發酵驗證即可，假如共有7支發酵管陽性，則應計算142*7/10=99.4，結果報告990CFU/g（mL）。
注意：對于結果檢出的平板或試管需要經過無害化處理（121℃滅菌30分鐘）方能棄去，防止對環境造成污染。
