1、食品細菌
自然界已知的細菌按細菌的形態、營養型和染色反應劃為19個部以及以下的目、科、屬、種等。由于食品理化性質、所處外界條件與加工處理等因素的限制，在食品中存在的只是自然界細菌的一部分。一般將此種在食品中存在的細菌，稱為食品細菌。其中包括致病性、相對致病性和非致病性細菌。非致病性細菌是評價食品衛生質量的重要指標，也是食品腐敗變質的原因、過程和控制方法研究中的主要研究對象，而且這些細菌往往與食品出現特異顏色、氣味、熒光、磷光以及相對致病性有關。如假單胞菌屬、需氧的革蘭氏陰性無芽胞桿菌、微球菌屬等，這些細菌分解食品中各種成分，使PH上升并產生各種色素，導致食品腐敗變質。

2、菌落總數
食品中細菌數量通常以每克或每毫升食品的細菌數目而言，不考慮種類。由于所用檢測計數方法不同而有兩種表示方法。一種是在嚴格規定的條件下（樣品處理、培養基及PH、培養溫度及時間、計數方法等），使適應這些條件的每一個活菌細胞必須而且只能生成一個肉眼可見的菌落，結果稱為該食品的菌落總數。另一種方法是將食品經過適當處理（溶解和稀釋），在顯微鏡下對細菌細胞數進行直接計數，其中包括各種活菌，也包括尚未消失的死菌，結果稱為細菌總數。

天然食品內部沒有或很少有細菌。食品細菌主要來自產、儲、運、銷等各環節的外界污染。水體每毫升可有幾萬至幾十萬，一滴牛奶中約有5千萬個左右。食品中細菌數量越多則會加速腐敗變質，甚至可引起使用者不良反應。如果食品中活菌達到10⁷～10⁸個/克時，表明該食品已進入腐敗，可能會引起食物中毒。

3、大腸菌群
大腸菌群包括腸桿菌科的埃希氏菌屬、檸檬酸桿菌屬、腸桿菌屬和克雷伯菌屬。這些細菌來自于人與溫血動物腸道。大腸菌群的數量，我國采用最近似數表示，簡稱大腸菌群MPN(maximum probable number)，這是按一定方案檢驗結果的統計數值。所謂一定檢驗方案：采用樣品3個稀釋度各3個管的LST發酵法。并根據各種可能不同的檢驗結果，查MPN檢索表，報告每克（毫升）大腸菌群的可能數。

食品中撿出了大腸菌群，表示食品曾受到人與溫血動物糞便的污染，大腸菌群數的高低，表明了食品被糞便污染的程度，糞便內除一般正常的細菌外，同時也會有一些腸道致病菌存在，所以，大腸菌群也是作為腸道致病菌污染食品的指示菌。

4、腐敗變質

食品腐敗變質是以食品本身的組成和性質為基礎，在環境因素的影響下，主要由微生物的作用所引起；是食品本身、環境因素和微生物三者互為條件、相互影響、綜合作用的結果。
食品本身的組成和性質，如宰殺后一定時間內，所含酶類繼續進行某些生化反應使其發生各種改變；組織細胞膜碎裂為微生物侵入提供條件（細碎的肉糜等促進了食品的腐敗變質）；食品營養成分組成、水分多少、PH高低和滲透壓大小等，對食品微生物增殖速度有重要影響，從而決定食品的耐藏與易腐及腐敗變質的過程和特征。
由于肉類制品營養豐富，水分活度較高，易受微生物污染。由于微生物繁殖造成了肉制品腐敗變質，如細菌在繁殖過程中會產酸、產氣，有些致病性菌還會釋放出毒素，包裝食品會發生漲袋，食用了這樣的食品會因起食物中毒。

5、控制污染

微生物污染的渠道多，因素很復雜，涉及產、儲、運、銷等各環節都會造成污染，主要從5個方面加以控制。

①、原輔料控制：原料肉應當選用政府定點屠宰企業生產的產品，應有衛生檢驗檢疫合格證明，進口原料肉必須經出入境檢驗檢疫部門檢驗合格，不得使用非經正常屠宰死亡的畜禽肉及非食用性原料。輔料應符合國家標準及有關規定，嚴禁使用不合格的原輔料及未經證明不安全的原輔料。如果使用的原輔料為實施生產許可證管理的產品，必須選用獲得生產許可證企業生產的產品。
②、加工過程的溫度控制：在肉制品加工過程中，應嚴格控制原料肉、半成品和成品的溫度，防止由于溫度升高造成肉品腐敗及微生物污染與繁殖。
③、工藝流程設計：車間布局與工藝流程的設計應合理，熱加工區應為生料加工區與熟料加工區的分界線，能使生熟分開。生料加工區和熟料加工區應分別設置工作人員入口、更衣室和洗手消毒設施，杜絕操作人員流向與物料流向不合理造成的交叉污染。
④、原料庫、輔料庫、成品庫：應干燥、清潔，防鼠防蠅，溫度應滿足工藝要求。
⑤、人員：車間工作人員須穿著潔凈的工作服、工作鞋、工作帽并佩戴口罩，工作帽應罩住全部頭發，工作服應定期清洗消毒。