首先要保持生產車間的內部工具的清潔和衛生，注意對一些衛生死角進行嚴格的衛生清理和保持（每半月實施一次深度清潔）：如操作案面的背面，天花板、墻壁、制冷風機的衛生清理，清理衛生后所有的墻壁、天棚、設備、器具、案面表面要用酒精擦兩遍以上，尤其注意清理制冷風機的散熱片和冷氣的出風口以及內部電機葉片，這是一個很容易忽視的角落。

對生產車間霉菌有控制，首先必須控制車間的溫度和濕度，溫度在24度以下，濕度在55％以下，因為過高的溫濕度會促進霉菌的生長。

晚上工人下班后采用臭氧或紫外線對空氣消毒，防止空氣中滋生細菌累加到白天造成對產品不利，因為一個細菌在24小時內會繁殖成百上千甚至上百萬細菌。

每天班前、班后對車間內部墻壁、風機、下水道、案面、手部、預冷庫和庫門、速凍庫門、包裝室、工器具消毒間使用75%的酒精噴灑消毒，班中每2小時對風機、墻壁、下水道實施75%的酒精噴灑，殺滅霉菌。

人員的工作服、更衣室等，必須保持衛生清潔，定期清洗和進行紫外線或臭氧殺菌30分鐘以上，防止人為造成霉菌的交叉污染（不可在有人的情況下殺菌）。

保證車間風機的正常運轉，保證車間內部空氣能夠達到要求指標，空調的換氣程度好壞直接影響到霉菌的產生。如果車間能保證及時將含有大量水份的空氣排出車間，則極大程度縮小了可能存在霉菌的可能性。若有條件的廠家，建議在新回風管道內安裝動態殺菌裝置，防止管道內壁、過濾器及空調表冷器滋生細菌，形成衛生隱患。