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“堵”的表現現象就是柱壓異常升高，直接原因就是流路不暢。堵塞的主要位置就是在色譜柱的前端，最主要原因就是流動相里有雜質，雜質的主要來源就是細菌。
2、色譜柱“堵”的原因分析
原因1：配制流動相時細菌污染
首先我們要認識到，一般的國產甲醇其實不需要額外過濾處理，直接使用沒有問題。即使是有些固態微粒雜質，也能在液相流路系統最前端的過濾頭上排除，真正容易引起問題的，是水中的細菌。解決它的方法很簡單，就是確保水的可靠性。這里有兩種方式推薦：
（1）使用實驗室專用純水機，既方便又可靠，質量也放心。
（2） 成箱購買市售品牌純凈水，先隨機抽取一支做一下細菌平板實驗，待菌落數合格方可使用。
原因2：使用流動相時的細菌污染
流動相剛開始沒有長菌，在使用時卻產生了細菌污染。這主要是在使用多元液相色譜儀時的一種不良使用習慣造成的。舉最簡單的例子：50％的甲醇水流動相，有兩種使用方式。一種方式是在上機前就配好混合在一起，另一種方式是在流路A放純甲醇，流路B放純水。
從單純實驗效果來說，后一種有明顯的優點：首先是簡單，不需要實驗者另個計算配比混合，其次就是比例準確，能得到保留時間重復性極好的實驗效果。
但是，它有一個致命的缺陷，就是純水在流動相瓶中幾天時間就會長細菌（很多情況下不僅僅用純水作流動相，而是用緩沖鹽溶液，本身就是優質肥料，細菌長得更迅速），一旦有細菌柱子就壞得很快。
所以，寧可犧牲小小的保留時間的重復性，也不要用純水溶液作為流動相的一組。可用10％的甲醇水代替純水溶液，這樣可以有效排除長細菌的隱患，既可作流動相，也可沖柱。
原因3：不適當操作
常見問題有以下幾種：
（1）在更換零件時選擇的型號有誤，接口不是很匹配，在擰緊的時候產生變形而使得管路堵塞。
（2）樣品處理液凈化得不干凈，長期會在六通閥和柱之間形成阻塞不暢。
（3）在使用手動六通閥時，有些人可能由于手勁小的原因，轉動的不到位，于是造成流路形成了死堵，壓力快速升高超過警戒值。
（4）在使用金屬管路作出廢液管時，應當注意最好廢液瓶中先放一些水，并把廢液管的出口端放在液面下。如果位于在液相上且實驗使用較高濃度的緩沖鹽溶液，在停機時可能在出口端結晶成塊并造成堵塞。這種情況不常見，但卻的確發生過。
“堵”的原因講了不少，現介紹查堵的方法。
3、查堵的方法及處理措施
在發生“堵”的現象后，就需要找出原因，主要是什么位置發生了“堵”。注意，絕大多數情況下，整個系統只會有一個地方發生堵塞。
查堵的方法是從尾向前逆向分段拆開，仔細觀察壓力數值，如果某一個部件（柱子除外）裝上和拆下時的壓力差別很大，可發展變化判斷。至于柱的堵塞，可以通過換同樣規格的柱的壓力是否一致來判斷。具體檢測步驟：
（1）首先斷開真空泵的入口處，此時PEEK管里充滿液體，使PEEK管低于溶劑瓶，看液體是否自由滴下，如果液體不滴或緩慢滴下，則是溶劑過濾頭堵塞。處理方法：用30%的硝酸浸泡半個小時，在用超純水沖洗干凈。如果液體自由滴下，溶劑過濾頭正常，在檢查；
（2）打開沖洗閥（purge閥），使流動相不經過柱子，如果壓力沒有明顯下降，則是過濾白頭堵塞。處理方法：將過濾白頭取出，用10%的異丙醇超聲半個小時。如果壓力降至100PSI （6.7 Bar）以下，過濾白頭正常，在檢查；
（3）把色譜柱出口端取下，如果壓力不下降，則是柱子堵塞。處理方法：如果是緩沖鹽堵塞，則用95%的水沖至壓力正常。如果是一些強保留的物質導致堵塞，則要用比現在流動相更強的流動相沖至壓力正常。假如按上面的方法長時間沖洗壓力都不下降，則可考慮將柱子的進出口反過來接在儀器上，用流動相沖洗柱子。這時，如果柱壓仍不下降，只有換柱子入口篩板，但一旦操作不甚，很容易造成柱效下降，所以盡量少用。
