色譜柱在使用過程中避免強(qiáng)烈的碰撞和震動(dòng)。各個(gè)廠家生產(chǎn)的色譜柱在接口尺寸上會(huì)有差異，如果柱頭類型和不銹鋼毛細(xì)管接頭兩者類型不匹配，將會(huì)產(chǎn)生漏液或者死體積過大的現(xiàn)象。接頭比柱頭深度長(zhǎng)，不易擰緊而漏液；接頭比柱頭深度短，柱頭內(nèi)留有空隙而產(chǎn)生死體積，使譜帶展寬和峰拖尾。

色譜柱平衡指的是用完整的分析程序，運(yùn)行幾遍測(cè)試，等觀察到峰形、保留時(shí)間和峰面積穩(wěn)定為止，平衡即完成。另外，在使用緩沖鹽時(shí)，應(yīng)該先使用同等比例的水過渡，再將緩沖鹽引入色譜柱，以防止鹽析發(fā)生，從而損壞色譜柱。同理，使用緩沖鹽之后，一定要用較大比例的水相沖洗60min以上，將色譜柱中的緩沖鹽徹底沖洗干凈，防止鹽析。如果不使用緩沖鹽流動(dòng)相，也需要沖洗，用大比例的有機(jī)相徹底沖洗柱內(nèi)的有機(jī)物，防止其沉積影響柱效或影響下一次實(shí)驗(yàn)譜圖。

最好遵守色譜柱說明書中的保持方式。在實(shí)際應(yīng)用中為了方便也可以如下使用：短期保持用所用的流動(dòng)相保存為佳，這樣做可以減少下次使用的平衡時(shí)間。一般情況下，建議長(zhǎng)期用80%甲醇或乙腈來保存反相柱。純有機(jī)相保持有最大限度減少鍵合相水解的作用，但純甲醇（乙腈）又會(huì)將已水解而暫時(shí)吸附在柱內(nèi)的鍵合相洗脫出去，使固定相流失進(jìn)程加快，縮短壽命；另外，純有機(jī)相保存時(shí)，溶劑易揮發(fā)，導(dǎo)致柱床變干，也會(huì)容易損壞色譜柱。正相柱一般應(yīng)保持在所用流動(dòng)相中。