PCR反應(yīng)中的主要成份引物、4種三磷酸脫氧核苷酸(dNTP)、Mg2+、模板、Taq DNA聚合酶、反應(yīng)緩沖液五部分組成。各個(gè)組份都能影響 PCR 結(jié)果的好壞，下面詳細(xì)分析：
1.  引物 
PCR反應(yīng)產(chǎn)物的特異性由一對(duì)上下游引物所決定。引物的好壞往往是PCR成敗的關(guān)鍵。引物設(shè)計(jì)和選擇目的DNA序列區(qū)域時(shí)可遵循下列原則：
（1） 引物長度約為16-30 bp， 太短會(huì)降低退火溫度影響引物與模板配對(duì)，從而使非特異性增高。太長則比較浪費(fèi)，且難以合成。
（2）引物中G+C含量通常為40%-60%，可按下式粗略估計(jì)引物的解鏈溫度 Tm＝4(G+C)+2(A+T)。
（3）四種堿基應(yīng)隨機(jī)分布，在3'端不存在連續(xù)3個(gè)G或C，因這樣易導(dǎo)致錯(cuò)誤引發(fā)。
（4）引物3'端最好與目的序列閱讀框架中密碼子第一或第二位核苷酸對(duì)應(yīng)， 以減少由于密碼子擺動(dòng)產(chǎn)生的不配對(duì)。
（5）在引物內(nèi)， 尤其在3'端應(yīng)不存在二級(jí)結(jié)構(gòu)。
（6）兩引物之間尤其在3'端不能互補(bǔ)， 以防出現(xiàn)引物二聚體， 減少產(chǎn)量。兩引物間最好不存在4個(gè)連續(xù)堿基的同源性或互補(bǔ)性。
（7）引物5'端對(duì)擴(kuò)增特異性影響不大， 可在引物設(shè)計(jì)時(shí)加上限制酶位點(diǎn)、核糖 體結(jié)合位點(diǎn)、起始密碼子、缺失或插入突變位點(diǎn)以及標(biāo)記生物素、熒光素等。通常應(yīng)在5'端限制酶位點(diǎn)外再加1-2個(gè)保護(hù)堿基。
（8）引物不與模板結(jié)合位點(diǎn)以外的序列互補(bǔ)。所擴(kuò)增產(chǎn)物本身無穩(wěn)定的二級(jí)結(jié)構(gòu)， 以免產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增，影響產(chǎn)量。
（9）簡并引物應(yīng)選用簡并程度低的密碼子， 例如選用只有一種密碼子的Met， 3'端應(yīng)不存在簡并性。否則可能由于產(chǎn)量低而看不見擴(kuò)增產(chǎn)物。
（10）一般PCR反應(yīng)中的引物終濃度為0.2-1.0 μmol/L。引物過多會(huì)產(chǎn)生錯(cuò)誤引導(dǎo)或產(chǎn)生引物二聚體， 過低則降低產(chǎn)量。利用紫外分光光度計(jì)， 可精確計(jì)算引物濃度， 在1cm光程比色杯中，260nm下，引物濃度可按下式計(jì)算：

X mol/L＝ OD260/ A(16000)+C(70000)+G(12000)+T(9600)

X： 引物摩爾濃度，A、C、G、T：引物中4種不同堿基個(gè)數(shù)。
2.  4種三磷酸脫氧核苷酸(dNTP)
（1）dNTP應(yīng)用NaOH 將pH調(diào)至7.0，并用分光光度計(jì)測定其準(zhǔn)確濃度。
（2）dNTP原液可配成5-10 mmol/L并分裝，-20℃貯存。一般反應(yīng)中每種dNTP的終濃度為20-200 μmol/L。
（3）理論上4 種 dNTP各20 μmol/L，足以在100 μl反應(yīng)中合成2.6 μg的DNA。當(dāng)dNTP終濃度大于50 mmol/L時(shí)可抑制Taq DNA聚合酶的活性。4種dNTP的濃度應(yīng)該相等，以減少合成中由于某種dNTP的不足出現(xiàn)的錯(cuò)誤摻入。
3.  Mg²⁺
（1）Mg²⁺濃度對(duì)Taq DNA聚合酶影響很大，它可影響酶的活性和真實(shí)性，影響引物退火和解鏈溫度， 影響產(chǎn)物的特異性以及引物二聚體的形成等。
（2）通常Mg²⁺ 濃度范圍為0.5-2 mmol/L.對(duì)于一種新的PCR反應(yīng)，可以用0.1-5 mmol/L的遞增濃度的Mg²⁺ 進(jìn)行預(yù)備實(shí)驗(yàn)，選出最適的Mg²⁺濃度。
（3）在PCR反應(yīng)混合物中， 應(yīng)盡量減少有高濃度的帶負(fù)電荷的基團(tuán)， 例如磷酸基團(tuán)或EDTA等可能影響Mg²⁺ 離子濃度的物質(zhì)，以保證最適Mg²⁺ 濃度。
4.  模板
（1）PCR反應(yīng)必須以DNA為模板進(jìn)行擴(kuò)增， 模板DNA可以是單鏈分子，也可以是雙鏈分子，可以是線狀分子，也可以是環(huán)狀分子(線狀分子比環(huán)狀分子的擴(kuò)增效果稍好)。
（2）就模板DNA而言，影響PCR的主要因素是模板的數(shù)量和純度.一般反應(yīng)中的模板數(shù)量為10² -10⁵ 個(gè)拷貝，對(duì)于單拷貝基因，這需要0.1μg的人基因組DNA，10ng的酵母DNA，1ng的大腸桿菌DNA。擴(kuò)增多拷貝序列時(shí)，用量更少。
（3）靈敏的PCR可從一個(gè)細(xì)胞，一根頭發(fā)，一個(gè)孢子或一個(gè)精子提取的DNA中分析目的序列。
（4）模板量過多則可能增加非特異性產(chǎn)物。DNA中的雜質(zhì)也會(huì)影響PCR的效率。
5.  Taq DNA聚合酶
一般Taq DNA聚合酶活性半衰期為92.5℃ 130 min，95℃ 40 min， 97℃ 5 min。現(xiàn)在人們又發(fā)現(xiàn)許多新的耐熱的DNA聚合酶，這些酶的活性在高溫下活性可維持更長時(shí)間。
Taq DNA聚合酶的酶活性單位定義為74℃下，30 min，摻入10 nmol/L dNTP到核酸中所需的酶量。Taq DNA聚合酶的一個(gè)致命弱點(diǎn)是它的出錯(cuò)率，一般PCR中出錯(cuò)率為2×10^-4 核苷酸/每輪循環(huán)，在利用PCR克隆和進(jìn)行序列分析時(shí)尤應(yīng)注意.在100 μl PCR反應(yīng)中，1.5-2單位的Taq DNA聚合酶就足以進(jìn)行30輪循環(huán)。
所用的酶量可根據(jù)DNA、引物及其它因素的變化進(jìn)行適當(dāng)?shù)脑鰷p.酶量過多會(huì)使產(chǎn)物非特異性增加，過少則使產(chǎn)量降低。
反應(yīng)結(jié)束后，如果需要利用這些產(chǎn)物進(jìn)行下一步實(shí)驗(yàn)，需要預(yù)先滅活Taq DNA聚合酶， 滅活Taq DNA聚合酶的方法有：
（1）PCR產(chǎn)物經(jīng)酚:氯仿抽提，乙醇沉淀。
（2）加入10 mmol/L的EDTA螯合Mg²⁺ 。
（3） 99-100℃加熱10 min。目前已有直接純化PCR產(chǎn)物的Kit可用。
6.  反應(yīng)緩沖液
（1）反應(yīng)緩沖液一般含10-50 mmol/L Tris·Cl (20℃下pH8.3-8.8)， 50 mmol/L KCl和適當(dāng)濃度的Mg²⁺ 。Tris·Cl在20℃時(shí)pH為8.3-8.8，但在實(shí)際PCR反應(yīng)中，pH為6.8-7.8。50 mmol/L的KCl有利于引物的退火。
（2）反應(yīng)液可加入5mmol/L的二硫蘇糖醇(DDT)或100 μg/ml的牛血清白蛋白(BSA)，它們可穩(wěn)定酶活性，另外加入T₄噬菌體的基因32蛋白則對(duì)擴(kuò)增較長的DNA片段有利。
（3）各種Taq DNA聚合酶商品都有自己特定的一些緩沖液。