微生物農藥是一類發展較快的生物農藥。微生物農藥包括農用抗生素和活體微生物。農用抗生素是由抗生菌發酵產生的、具有農藥功能的代謝產物，例如：井岡霉素、春雷霉素等，可以用來防治真菌病害；農用鏈霉素、土霉素可以用來防治細菌病害；瀏陽霉素可以用來治蛾類；最新開發的阿維菌素可以用來殺滅害蟲、畜體內外寄生蟲，用量低、效果好。活體微生物農藥是有害生物的病原微生物活體，即用了這些活的微生物可以使有害生物本身得病而喪失為害能力。例如，白僵菌、綠僵菌是一類真菌殺蟲劑(即本身是真菌，具有殺蟲活性)；蘇云金桿菌(即Bt)是一類細菌殺蟲劑；核多角體病毒是一類殺蟲劑；魯保一號是一類真菌除草劑。

　　
微生物農藥是以生物體如細菌、真菌、病毒等微生物為原料而制成的一類農藥。它的特點是安全可靠，不污染環境，對人畜不產生公害，而且原料易獲得，生產成本低，是當前農作物病蟲害防治中具有廣闊發展前景的一種農藥。生產中常見的生物農藥有以下幾種：

　　
Bt乳劑：是常用的細菌生物農藥，它的制成品為米黃色乳劑，乳化性能好，殺蟲譜廣，對20多種蔬菜、茶、果、煙等植物的鱗翅目害蟲防治效果為80-90%，主要防治對象有松毛蟲、玉米螟、棉鈴蟲、粘蟲、稻縱卷葉螟、茶毛蟲等。Bt乳劑是一種胃毒劑，害蟲食后能產生一種特殊的酶。這種酶可以分解昆蟲腸道當中的一種蛋白質，從而使害蟲腸道穿孔，腸道里的東西流入體腔，最后死亡。使用時應掌握氣溫在15℃以上，一般以20℃為適宜，施用時間應比施用化學農藥提前2-3天為宜。

　　
青蟲菌和殺螟桿菌：菜青蟲吃了粘有青蟲茵的菜葉，腸壁會很快穿孔，變成團團泥漿死去。殺螟桿菌用于防治稻縱卷葉螟、三化螟，還能防治蒼蠅、蚊子、松毛蟲、白螞蟻、稻苞蟲等害蟲。

　　
白僵菌：是真菌生物農藥，對防治松毛蟲和水稻害蟲黑尾葉蟬有特效。白僵茵液接觸害蟲后，通過體壁進入害蟲體內，很快會萌發菌絲，吸收害蟲的體液，使害蟲變僵發硬而死。

　　
井岡霉素：防治水稻紋枯病有特效。抑制水稻紋枯病病菌菌絲，有效期長達20天，耐雨水沖刷，對人畜安全無毒。

　　
農用抗菌素和植物抗菌素：這兩類農藥是真菌生物農藥。在生產上應用的抗菌素有春雷霉素、慶豐霉素、多抗霉素、土霉素、灰黃霉素、放線菌酮鏈霉素等。如農抗120是一種新型的農用抗生素，對瓜、果、蔬菜、花卉、麥類、煙草的白粉病及水稻、麥類的紋枯病，具有很好的防治效果。