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儀器的保養
保持光學元件的清潔對于保證好的光學性能來說非常重要，當顯微鏡不用時，顯微鏡應當用儀器提供的防塵罩蓋住。若光學表面及儀器有灰塵和污物，在擦清表面前應當先用吹氣球吹去灰塵或用柔軟毛刷去污物。
光學表面應當用無絨棉布，擦鏡紙或用專用的鏡頭清潔液沾濕的棉花簽來清潔。請避免使用過多的溶劑，擦鏡紙或棉花簽應恰當沾濕溶劑但不要因為使用太多溶劑而滲透到物鏡內，造成物鏡清晰度下降及物鏡損壞。
顯微鏡中目鏡物鏡的表面鏡頭最容易受到灰塵和污物及油的粘污，當發現襯度、清晰度降低，霧狀發生時，則需要用放大鏡仔細檢查目鏡，物鏡前面鏡頭的狀況。
低倍物鏡有相當大的前組鏡片，能用纏在手指上的棉布或棉簽及擦鏡紙上用乙醇沾濕來擦拭。40X、100X需多加小心地用放大鏡仔細檢查。高倍鏡中為了達到高的平坦度，應用了一個有小曲率半徑凹面的前組鏡頭，在擦拭這組鏡頭時用帶有棉球的牙簽或棉花簽清潔。擦拭鏡頭表面要輕。不要過度用力和有刮擦動作，并確信棉簽觸到鏡頭的凹面。在清理后用放大鏡檢查物鏡是否損傷，如果必須要去開觀察鏡筒，小心不要接觸到鏡筒下面的外露鏡頭，鏡頭表面如有手指印會降低成像的清晰度，用清潔物目鏡的方法進行擦拭。
當顯微鏡使用100X油鏡使用完時，請及時將油鏡表面擦拭清楚并檢查40X物鏡是否沾上油，如有請及時擦清。使顯微鏡始終保持成像清晰。
儀器的維護
使用防塵罩是保證顯微鏡處于良好機械和物理狀態的最重要的因素。顯微鏡的外殼如有污跡，能用乙醇或肥皂水來清潔（無用其他有機溶劑來清潔），但切勿讓這些清洗液滲入顯微鏡內部，造成顯微鏡內部電子部件的短路或燒毀。
保持顯微鏡使用場地的干燥，當顯微鏡長期工作在濕度較大的環境中，還是容易增加霉變的幾率，因此如顯微鏡不得不工作在這些濕度較大的環境中，建議使用去濕機。另外，如發現光學元件表面有霧狀，霉斑等不良情況時，請立刻聯系專業人士，對您的顯微鏡進行專業維護保養。
儀器保養注意事項
采取下列措施，或許能更好的延長您的顯微鏡使用時間并使之保持良好的工作狀態。
（1）每次關閉顯微鏡電源前，請將顯微鏡燈光調至最暗。
（2）關閉顯微鏡電源后，請等燈箱完全冷卻后（約15分鐘后），在罩上顯微鏡防塵罩。
（3）開啟顯微鏡電源后，若暫時不使用，可以將顯微鏡燈光調至最暗，而無需頻繁開關顯微鏡電源。
顯微鏡工作一年后，應每年至少做一次的專業維護保養。
儀器日常使用注意事項
1.搬動顯微鏡時，要一手握鏡臂，一手扶鏡座，兩上臂緊靠胸壁。切勿一手斜提，前后擺動，以防鏡頭或其他零件跌落。
2.觀察標本時，顯微鏡離實驗臺邊緣應保持一定距離(5cm)，以免顯微鏡翻倒落地。鏡柱與鏡臂間的傾斜角度不得超過45度，用完立即還原。
3.使用時要嚴格按步驟操作，熟悉顯微鏡各部件性能，掌握粗、細調節鈕的轉動方向與鏡筒升降關系。轉動粗調節鈕向下時，眼睛必須注視物鏡頭。
4.觀察帶有液體的臨時標本時要加蓋片，不能使用傾斜關節，以免液體污染鏡頭和顯微鏡。
5.粗、細調節鈕要配合使用，細調節鈕不能單方向過度旋轉，調節焦距時，要從側面注視鏡筒下降，以免壓壞標本和鏡頭。
6.用單筒顯微鏡觀察標本，應雙眼同時睜開，左眼觀察物像，右眼用以繪圖，左手調節焦距，右手移動標本或繪圖。
7.禁止隨意擰開或調換目鏡、物鏡和聚光器等零件。
8.顯微鏡光學部件有污垢，可用擦鏡紙或綢布擦凈，切勿用手指、粗紙或手帕去擦，以防損壞鏡面。
9.凡有腐蝕性和揮發性的化學試劑和藥品，如碘、乙醇溶液、酸類、堿類等都不可與顯微鏡接觸，如不慎污染時，應立即擦干凈。不要任意取下目鏡，謹防灰塵落入鏡筒。
10.使用油鏡觀察樣品后，隨即用二甲苯將油鏡鏡頭和載波片擦凈，以防其他的物鏡玻璃上沾上香柏油。二甲苯有毒，使用后馬上洗手。
11.實驗完畢，要將玻片取出，用擦鏡紙將鏡頭擦拭干凈后移開，不能與通光孔相對。用綢布包好，放回鏡箱。切不可把顯微鏡放在直射光線下曝曬。
