目前PCR實驗室的建設應分三個區域，試劑準備區、核酸制備區和PCR擴增區，實驗室分區的主要目的是避免純化核酸和擴增產物逆向污染前一個區域，但多年的經驗表明，無論是三區還是四區的設置，似乎都沒有完全杜絕實驗室污染的發生。
那么PCR實驗室究竟應如何建設才能有利于污染的預防和有效清除？
其實污染就是PCR擴增管中摻入了原來樣本不存在的擴增核酸，那么這個不受歡迎的核酸是怎么來到PCR擴增管里的？如果排除試劑盒、儀器和人員操作等環節，核酸氣溶膠和灑落的樣本與核酸的清除是實驗室建設應該重點考慮的環節。
實驗室的建設首先要有通風設置，通風是PCR實驗室建設應該考慮的基本條件，如果采用封閉彩鋼板建設的實驗室，應進行壓差設置，即自試劑準備室、核酸制備室到擴增室依次呈負壓，但清潔新風應從室外引進，新風過濾網應定期更換，否則便成為污染的來源。其次是實驗室墻面和地面具有防水功能，也就是墻面和地面可以水洗！每個房間設置地漏，方便實驗室的清潔，當實驗室污染發生時，即可使用“水洗實驗室”的方法有效清除污染，清除過程使用的是0.2%有效氯溶液，它不但有效斷裂核酸片段，而且還具有淬滅熒光基團，有利于PCR實驗室熒光本底的去除。但過量使用反而會影響試劑擴增效率。消毒清洗后應該使用自來水或清潔水進行再次清洗，特別是設備表面。實驗室空氣中的污染清除，可以用有效氯溶液進行噴霧。 
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