主要與豆奶粉的內在質量有關。
豆奶粉溶解后形成的乳狀液是一種復雜的不穩定體系，同時具有懸浮液、乳濁液、真溶液的特性，較易發生蛋白質及固體顆粒凝聚沉降分層現象。影響豆奶粉沖調時分層的因素主要與其中的蛋白質、粉體顆粒性質有關，同時也受一些外界因素（攪拌、水溫、沖調濃度等）影響。
1、蛋白質的變性
蛋白質的變性主要與加工過程的工藝控制參數有關，如豆奶溶液的濃度、PH值、滅菌溫度、噴粉時的干燥溫度及其所強化的礦物質等，都會引起豆奶蛋白質發生不同程度的變性，溶解度變差，沖調時就會沉淀析出。
2、豆奶粉的顆粒性質
顆粒的大小、多孔性、表面是否包埋涂膜等都將影響到顆粒的潤濕分散性，良好的潤濕分散性（速溶性），可以形成穩定的乳狀液，否則就會發生沉淀分層現象。
3、豆奶溶液的均質程度
均質是生產優質豆奶粉不可缺少的工序。均質時，溶液中的脂肪和蛋白質由粗大的顆粒加工成極微細的顆粒，減緩粒子的沉降速度，從而形成均勻的分散體系，提高了豆奶粉的組成穩定性，也就保證了豆奶粉在沖調時的均一潤濕與分散。否則就會出現豆奶粉潤濕分散不均一、發生顆粒沉降現象。
4、用于改善沖調性/速溶性的配料
如乳化劑、糖類、糊精等，合理添加上述配料可改善豆奶粉的速溶性，可以減少沖調時的分層現象。