益生元是通過選擇性的刺激一種或少數種菌落中的細菌的生長與活性而對寄主產生有益的影響從而改善寄主健康的不可被消化的食品成分（Gibson and Roberfroid，1995)。

最基本的益生元為碳水化合物，但定義并不排除被用作益生元的非碳水化合物物質。理論上來講，任何可以減少現在有害菌種，而有益于促進健康的菌種或活動的抗生素都可以叫做益生元。

國際營養學界普遍認可的定義是：益生菌系一種對人體有益的細菌，它們可直接作為食品添加劑服用，以維持腸道菌叢的平衡。在國外已開發出數以百計的益生菌保健產品，其中包括：含益生菌的酸牛奶、酸乳酪、酸豆奶以及含多種益生菌的口服液、片劑、膠囊、粉末劑等等。迄今為止，科學家已發現的益生菌大體上可分成三大類，其中包括：

①乳桿菌類（如嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌、詹氏乳桿菌、拉曼乳桿菌等）；

②雙歧桿菌類（如長雙歧桿菌、短雙歧桿菌、卵形雙歧桿菌、嗜熱雙歧桿菌等）；

③革蘭氏陽性球菌（如糞鏈球菌、乳球菌、中介鏈球菌等）。此外，還有一些酵母菌與酶亦可歸入益生菌的范疇。