目前，轉基因食品的安全性考證已陷入了一個怪圈：既沒有人能證明它安全，也沒有人能證明它不安全。
轉基因作物是否存在潛在危害，科學家目前還不能提供出確鑿證據，但是他們的擔心也決不是杞人憂天。在試圖改變生物鏈結構方面，人類沒有任何經驗，因此，無論多么小心謹慎都不為過。
近百年來，傳統雜交技術是人類生產高產優質糧食、蔬菜、水果及肉禽蛋的主要方法。盡管雜交也是一種簡單的基因置換，但它們卻僅限于在近親物種間進行，因而其安全性相對較高。
和傳統雜交不同，轉基因技術用來改造食品的基因，通常來源于完全無關的物種，很多還是人類絕少食用的物種，例如蝎子、蛾、細菌、病毒和老鼠等。常見的做法是，將蝎子的基因植入玉米，使玉米產生毒素來抵御蟲害；或者將人的基因植入魚類，使魚能提供更接近人類的蛋白質。
這些作物遺傳性狀的改變，極有可能會影響人體細胞內蛋白質的組成，使得蛋白質的成分濃度發生變化或生成新的代謝物，最終可能會在人體內產生有毒物質或新的過敏源，引發致命疾病。甚至有科學家懷疑，這些轉基因會漂移到人體內部，造成無法想象的惡果。
此外，轉基因作物對大自然的影響目前也不得而知。已有教訓表明，任何進入新環境的外來物種，都有可能會在當地引發一場生態浩劫。例如，北美曾從德國引入一種黑櫻桃樹，之后便導致當地的原有稀有樹種滅絕；非洲把尼羅河鱸魚引進維多利亞湖后，也使原居魚類的數量大幅減少。
轉基因作物的商業化過程只經歷了不足10年的時間，然而，轉基因生物對環境及人體健康的影響可能需要20年、50年甚至是100年才能被發現。
轉基因作物一旦進入自然生物鏈，其人造的特性和缺陷就會無休止地流傳下去，永遠無法被控制或被收回，這種對大自然的破壞是不可逆的。