1.藥種一定要與其他（樹、菜、糧、草）種子分開存放，避免混雜 　　貯藏前要徹底清除其中的莖、葉、雜草、泥土等雜物，貯藏房間應進行常規消毒，嚴防藥種受到污染。
　　2.控制好水分
　　含油類多的藥種水分應控制在8%—9%，一般藥種子應該控制在12%—13%。水分過高，極易霉變。
　　3.藥種最佳溫度應控制在10℃左右
　　溫度過高，種子呼吸旺盛，將消耗自身貯藏營養，降低發芽率。
　　4.藥種應用磚木墊高
　　要求離地50厘米以上，不可直接放在地面上，否則，易受潮而降低發芽率，貯藏應注意通風換氣。
　　5.藥種千萬不可用塑料袋密封
　　因塑料袋不透氣，種子被迫進行無氧呼吸，會產生酒精和有機酸等有害物質，失去發芽力。
　　6.藥種不可與其它物品混放
　　存放藥種時一定不能與農藥、化肥一同存放，不可受到煙氣熏蒸，還要注意防止鼠傷、蟲咬等侵襲污染。