食用菌菌絲繁殖快，易變異，菌種保存難度較大。現介紹幾種效果很好且簡單易行的方法。
　　1.液體石蠟保存法選用液體石蠟，高壓滅菌后放入恒溫箱中數小時，或干燥器中數日，用無菌吸管或注射器吸取液體石蠟，注入菌種試管。注入量應高出斜面尖端1厘米左右。塞上棉塞，用蠟封好，直立保藏在低溫處，可保存5年。
　　2.麩皮保存法稱取一定量的麩皮，加水或營養液后拌勻即可使用。濕麩皮裝入試管，高壓滅菌后接入菌種，放在適溫下培養。菌絲體發育好后，將試管放入干燥室溫下進行干燥。干燥后放在20℃以下干燥處保存，可保存3—5年。
　　3.生理鹽水保存法將菌種接入馬鈴薯培養液中，250毫升三角瓶裝60毫升培養液，振蕩培養或每天搖動5—10次，培養5—7天，然后將形成的菌絲球移入裝有5毫升無菌生理鹽水的試管中，每管約移入4—5個菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好管口。置低溫下，可保存1年。
　　4.麥粒保存法取優質小麥，淘洗后浸入20℃水中泡5小時，稍加晾干，裝管。裝入量以管長的1/4—1/3為宜。滅菌，趁熱搖散，冷卻后接入菌絲體。適溫培養，至大多數麥粒上出現稀疏菌絲時終止培養。置于25℃以下干燥處，可保存1—2年。