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馬鈴薯貯藏期間引起塊莖損耗的因素主要有塊莖本身的生理因素，如呼吸、蒸發、發芽等；另一方面是病蟲害引起的損耗。
（1）塊莖的呼吸損耗塊莖通過皮孔吸收貯藏庫中的氧氣進行呼吸，轉化塊莖中的碳水化合物，放出二氧化碳，并釋放熱量。影響呼吸強度的主要因素是溫度，溫度增高，則呼吸增強，塊莖損耗增加；影響呼吸強度的還有塊莖的成熟度、損傷等因素，受損傷、未成熟的塊莖，以及發芽的塊莖都有較強的呼吸作用。由于塊莖的呼吸損耗，可減少重量6.5％～ll％。
（2）蒸發損耗馬鈴薯塊莖中的水分含量約為80％～85％，貯藏期間的損耗，除碳水化合物通過塊莖的呼吸作用損耗外，主要的重量損失是塊莖內的水分。塊莖受傷會引起大量失水，貯藏庫中的濕度低于85％，也會加速塊莖中水分的蒸發。一般情況下，貯藏的第一個月塊莖失水量約為鮮重的1.5％，以后為 0.5％～l％。
（3）發芽損失貯藏的塊莖達3個月以上，則休眠期結束，如貯藏溫度高于5℃，則會發芽。隨著貯藏溫度、濕度的增加，幼芽生長速度加快，呼吸增強，塊莖中的碳水化合物大量轉化成能量而消耗。發芽的馬鈴薯一晝夜內重量要損失0.05％～
0.07％，嚴重時塊莖大量失水而皺縮，重量損失是巨大的。如要抑制發芽，一是將貯藏溫度控制在2～4℃；或利用抑芽劑；光照能減慢芽的生長，甚至抑制芽的伸長，利用散射光貯藏種薯是一種有效的方法。
（4）病蟲害引起的損失塊莖貯藏期間由于病蟲害引起的大量爛薯是最大的損耗。貯藏期間濕度較大時，引起塊莖軟腐的主要病原有青枯病、環腐病、晚疫病和黑脛病等。濕度較小時，引起干腐的病原有鐮刀菌于腐病、粉痂病等。為減少病害導致的爛薯，應創造良好的通風條件，保持塊莖的薯皮干爽；以及3～ 4℃的低溫條件，可降低病害的發生與擴展蔓延。 貯藏期間的主要蟲害是引起塊莖嚴重損害的馬鈴薯塊莖蛾，低于l0℃貯藏，塊莖蛾活動困難，減少危害和損失。 
