甜椒的品種很多，其貯藏性差異也很大。一般抗病性強、果肉厚、色深綠的品種較耐貯藏，如：牟農1號、茄門、二豬嘴、麻辣三道筋、冀較1號及巴彥等。同一品種中未著色的較已著色的耐貯藏。栽培中的肥水管理及病蟲害防治等措施直接影響著甜椒貯藏期的長短，用于貯藏的甜椒在栽培中應避免偏施氮肥，注意多施有機肥和復合肥料。為了減少貯藏中的病害，可在采收前10～15天噴施殺菌劑。
    甜椒和黃瓜、番茄、茄子等果菜類一樣對低溫很敏感。在7.5℃以下貯藏時易受冷害，13℃以上貯藏時又會加速衰老和腐爛。甜椒的適宜貯藏溫度為9～12℃，適宜相對濕度為90%～95％。氣調貯藏的適宜條件為氧氣濃度2％～8％，二氧化碳濃度1％～2％。
1．砂藏   
    在窖內或室內的地面上(或木箱、筐內)鋪8厘米左右厚的砂子，上面擺經挑選的甜椒，如此一層砂子，一層甜椒，可貯藏3～5層。以后10～15天翻動一次，挑除不良果。注意將窖內或室內溫度控制在1O℃左右。
2．溝藏
    華北、東北和西北地區常采用溝藏方式。選陰涼通風處挖寬1米左右，深l～2米的東西溝，長度視貯藏量而定。先在溝底鋪8厘米左右的砂子，然后堆放經挑選的甜椒約30厘米厚。也可將甜椒裝筐后置入溝內或用砂子、稻殼等層積。貯藏前期注意防熱，每15天左右檢查一次；天氣寒冷后視溫度變化分次覆土或覆蓋草簾等防寒物。此外還要嚴防雨雪進入溝內。
3．窖藏
    選地勢高的場所，挖深1米、長5～6米、寬3米的地窖，將四周墻壁拍堅實。用磚將窖底鋪好，窖口以塑料薄膜或蘆席作蓋，防止雨淋或凍害。由于甜椒適宜貯藏溫度較高，蒸發量較小，故窖的保溫性能要好，一般不設進氣孔，僅在窖頂設有通風窗。甜椒在窖內的貯藏形式，可因地制宜采用筐貯、架藏和散堆等方式。
4．簡易氣調貯藏
    ①小袋包裝貯藏：將1.5～2千克的甜椒裝人厚度為0.02～0.03毫米的聚乙烯塑料薄膜中，扎緊口袋，裝筐或直接放在架子上。這種方法可以和土窖、通風窖和冷庫等不同貯藏設施相結合。
    ②大袋包裝貯藏：在籮筐或箱內鋪塑料薄膜，然后裝入10千克左右的帶2厘米長果梗的甜椒，將薄膜向里折合包住甜椒。貯藏一定期間后由果梗部開始變色、腐爛，用剪刀剪去果梗部后即可出售。