一、棉籽的貯藏特性
    棉籽種皮厚，一般在種皮表面附有短絨，導熱性很差，在低溫干燥條件下貯藏，壽命可達10年以上，在農作物種子中是屬于長命的類型。但如果水分和溫度較高，就很容易變質，生活力在幾個月內完全喪失。
    (一)耐藏性好
    成熟后的棉籽，種皮結構致密而堅硬，外有蠟質層可防外界溫、濕度的影響。種皮內含有約7．6％左右的鞣酸物質，具有一定的抗菌作用。所以，從生物學角度講，棉籽屬于長壽命種子。但是未成熟種子則種皮疏松皺縮，抵御外界溫、濕度的影響能力較差，壽命也較短。一般從霜前花軋出的棉籽，內容物質充實飽滿，種殼堅硬，比較耐貯藏。而從霜后花軋出的棉籽，種皮柔軟，內容物質松癟，在相同條件下，水分比霜前采收的棉籽為高，生理活性也較強，因此耐藏性較差。
    棉籽的不孕粒比例較高，據統計，中棉約占10％左右，陸地棉約占18％左右。棉籽經過軋花后機械損傷粒比較多，一般占15％～29％，特別是經過軋短絨處理后的種子，機損率有時可高達30％～40％。上述這些種子本身生理活性較強，又易受貯藏環境中各種因素的影響，不耐貯藏。
    棉籽入庫前，要進行一次檢驗，其安全標準為：水分不超過11％～12％，雜質不超過0.5％，發芽率應在90％以上，無霉爛粒，無病蟲粒，無破損粒，霜前花籽與霜后花籽不可混在一起，后者通常不作留種用。
    (二)通氣性差
    一般的棉籽表面著生單細胞纖維稱為棉絨。軋花之后仍留在棉籽上的部分棉絨稱為短絨，約占種子重量的55％左右，它的導熱性較差，具有相當好的保溫能力，不易受外界溫、濕度的影響。如果棉籽堆內溫度較低時，則能延長低溫時間，相反堆內的熱量也不易向外散發。短絨屬于死壞物質易吸附水分子，在潮濕條件下易孽生霉菌，相對濕度在84％～90％時霉菌生長很快，放出大量熱量，積累在棉籽堆內而不能散發引起發熱，干燥的棉籽很容易燃燒，在貯藏期間要特別注意防火工作。
    (三)含油分多，易酸敗
    棉籽的脂肪含量較高，約在20％左右，其中不飽和脂肪酸含量比較高，易受高溫、高濕的影響使脂肪酸敗。特別是霜后花中軋出的種子，更易酸敗而喪失生活力。棉籽入庫后的主要害蟲是棉紅鈴蟲，幼蟲由田間帶入，可在倉內繼續蛀食棉籽，危害較大。幼蟲在倉內越冬，到第2年春暖后羽化為成蟲飛回田間。因此，棉籽入庫前后做好防蟲滅蟲工作十分重要。
    留種用的棉籽短絨上會帶有病菌，可用脫短絨機或用濃硫酸將短絨除去，以消除這些病菌，并可節約倉容，來春播種時也比較方便，種子不至互相纏結，使播種落子均勻，對吸水發芽也有一定促進作用。但應注意脫去絨的棉籽在貯藏中容易發熱，須加強檢查和適當通風。
二、棉籽貯藏技術要點
    棉籽從軋出到播種約須經過5～6個月的時間。在此期間，如果溫濕度控制不適當，就會引起棉胚內部游離脂肪酸增多，呼吸旺盛，微生物大量繁殖，以致發熱霉變，喪失生活力。軋花時要減少破損粒提高健籽率，以保證種子質量。除此之外，應掌握以下技術環節。
    (一)合理堆放
    棉籽可采用包裝和散裝。散裝雖對倉壁壓力很小，但也不宜堆得過高。一般只可裝滿倉庫容量的一半左右，最多不能超過70％，以便通風換氣。堆裝時必須壓緊，可采用邊裝邊踏的方法把棉籽壓實，以免潮氣進入堆內使短絨吸濕回潮。華中及華南地區的棉籽，堆放不宜壓實。棉籽入庫最好在冬季低溫階段冷籽入庫，可延長低溫時間。但是當堆內溫度較高時，則應倒倉或低堆再插入用竹篾編成的通氣簍，以利通風散熱。   
    (二)嚴格控制水分和溫度
    我國地域廣大，貯藏方式應因地制宜。華北地區冬春季溫度較低，棉籽水分在12％以下，已適宜較長時間保管，貯藏方式可以用露天圍囤散裝堆藏；冬季氣溫過低，須在外圍加一層保護套，以防四周及表面棉籽受凍。水分在12％～13％以上的棉籽要注意經常性的測溫工作，以防發熱變質。如水分超過13％以上，則必須重行晾曬，使水分降低后，才能入庫。棉籽要降低水分，不宜采用人工加溫機械烘干法，以免引起棉纖維燃燒。
    華中、華南地區，溫濕度較高，必須有相應的倉庫設備，采用散裝堆藏法。安全水分要求達到11％以下，堆放時不宜壓實，倉內須有通風降溫設備，在貯藏期間，保持種溫不超過15℃。長期貯藏的棉籽水分必須控制在10％以下。
    (三)檢查管理
    1．溫度檢查  在9～10月份應每天檢查1次。入冬以后，水分在11％以下，每隔5～10d檢查1次，12％以下則應每天檢查。方法可采用每隔3m插竹管一根，管粗約為2cm，一端制成圓錐形以利插入堆內。竹管分上、中、下層，各置溫度計一支，定時定點進行觀測。
    2．殺蟲  棉籽入庫前如果發現有蟲，可在軋花后進行高溫曝曬，或將60℃左右的熱空氣通過種子5min，再裝袋悶2h，可將棉紅鈴蟲殺死。也可在倉內沿壁四周堆高線以下設置凹槽，在槽內投放殺蟲藥劑，當越冬幼蟲爬入槽內時便可將其殺死。
    3．防火  棉籽有短絨，本身含油量又高，遇到火種容易引起燃燒，而且在開始燃燒時往往不易察覺，一旦被發覺時已釀成火災，應予充分重視。在管理上要嚴禁火種接近棉籽倉庫，倉庫周圍不能堆放易燃物品。工作人員不能帶打火機、火柴等物入庫，更不能在庫內吸煙。在庫內甚至不能發生鐵器碰撞現象，以免產生火花引起火災。
    (四)脫絨棉籽的保管
    脫絨棉籽是指經過脫絨機械或硫酸處理過的種子。這些棉籽因經過處理，其外殼雖然未破碎，但種皮一般都受到機械磨損或腐蝕，透水性增加，比較容易受外界溫、濕度的影響，不耐貯藏。在貯藏過程中容易引起發熱現象。所以，對脫絨棉籽應加強管理多檢查，在堆法上應采用包裝通風垛或圍囤低堆等通風形式更為有利。
三、包衣棉籽的貯藏方法
    一般包衣后種子，不應作長期貯藏，由于用剩包衣棉籽帶劇毒農藥，無法轉商，只能深埋處理，既浪費種子，又會污染環境。
    根據研究，只要認真做好安全貯藏，種子發芽率和田間出苗率仍能基本保持原有水平，翌年仍能使用，既能節約種子，又增加經濟效益。包衣棉籽貯藏特點和方法簡介如下：
    (1)脫絨包衣棉種易于在夏秋兩季吸潮、發熱、降低發芽率。因此，必須堆成通風垛，在種垛上、中、下各處均勻放置溫度計，掌握溫度的變化情況。高溫潮濕季節須每天檢測1次，棉籽溫度須保持在20℃以下。如有異常，迅即采取倒倉或通風降溫等措施。最好放入低溫庫保存，確保種子安全越夏。
    (2)脫絨包衣棉籽種皮脆、薄、機械損傷多。如壓力一大往往出現種皮破裂的情況。因此，倉貯中袋裝種子高度不應超過2m。
    (3)包衣棉種帶有劇毒，發出刺激性氣味，倉內不應貯存其他種子。同時，應注意人身安全，以防中毒。