鮮菇一經采收，須整齊排放在小型矮裝容器內，并盡快送往低溫車間進行整理。容器體積為長×寬×高＝40×28×16厘米，其形狀如周轉箱，底部實板，四周預設直徑約2-3厘米左右圓孔，底下四角均有內縮插接角塊，以便于碼高多層。鮮菇采收時順頭排放，不使頭尾相接，以免造成污染。低溫車間內溫度為1-3攝氏度，可將普通恒溫冷庫改造后利用，連同其他包裝容器均存放于車間內，以使徹底降溫。鮮菇成箱搬入車間后分開擺放，不得再碼高多層，以便于菇體充分降溫，該環節對于氣溫高于15攝氏度時采收的鮮菇尤為重要。整理的工具為：薄片不銹鋼刀或竹片刀，以及小包裝封口、打箱等設備。

　　先用小刀將鮮菇基部削凈，去掉泥土、基料等雜物，鱗片多時應一并除去，一般不用水洗，否則縮短產品貨架壽命。待菇體內部降溫至3攝氏度以下時，即可分裝。一般可用泡沫質地的飯盒樣式，制作為高約5厘米左右單盒，每盒約裝鮮菇150克左右。若禁銷塑料包裝，可定制紙質盒。雞腿菇一般適宜（長×寬×高，下同）16×10×4厘米規格的包裝；姬松茸適宜15×10×6厘米規格；真姬菇、楊樹菇等適宜16×8×4厘米規格。根據鮮菇形態及規格大小確定排放方式，然后封包保鮮膜。將小包裝盒再裝入泡沫保鮮箱內，每箱可裝36盒，透明膠帶封口即成。

　　另外，短期貯存和運輸時還可使用冰塊降溫保鮮或冷藏車運輸等方法，冷藏溫度控制在1-3攝氏度即可。