洋蔥在夏季收獲后，即進入休眠期，一般休眠期為1．5～2.5個月。通過休眠期后，采用低溫干燥條件可使洋蔥繼續保持休眠狀態，即處于強迫休眠期。洋蔥貯藏的適宜溫度為—3～O℃，相對濕度80％以下。濕度過大易腐爛，還易生根和發芽。常用的貯藏方法有：
　　(1)室內堆藏法。選地勢高燥、通風背陰的地方，用枕木、秸稈等物鋪墊，將曬好的洋蔥辮交錯擺在上面，鋪成中間略高的長方形垛。垛頂蓋幾層葦席，嚴防雨水淋人，保持垛內干燥。入冬前倒垛1～2次，入冬后轉入室內，溫度控制在0～3℃之間。溫度高時，可開門通風降溫。低于適溫時，應增加覆蓋，防寒保溫。
　　(2)筐藏法。洋蔥收后晾硒，待葉子變黃捆成小把堆成圓垛，蔥頭向外，葉向里，內部形成空心的圓錐體，每4～5天倒垛一次，切忌淋雨。待蔥頭干燥后，去掉葉，裝入筐或箱中。每筐20～30千克，堆放在窖內或普通庫房。
　　(3)泥封貯藏法。把豐滿無傷的洋蔥裹在泥球內，使其陰干，碼放或裝筐置于干燥處保存。或者用木板做成一個長36厘米、寬21厘米、高6厘米的坯模子，然后用沙土和泥混合，把洋蔥剪去莖葉，與泥混合托成土坯。方法是在模底先鋪一層泥，泥上擺一層洋蔥，上再蓋一層泥。如此托成土坯，經充分晾曬后，放人室內存放。
　　(4)掛藏法。將經過晾曬的洋蔥編成辮子，每條長約1米，兩條合為掛，每掛約80～100頭。將編好的洋蔥辮于掛在架子上，使辮子離地10厘米，四周用席子圍上，注意防雨。入冬后可在室內或貯藏庫內掛藏。
　　(5)馬來酰肼處理法。洋蔥在收前10～15天，田間噴0．2％～0．25％的馬來酰肼，每畝噴50千克，噴藥前3～5天停止澆水，噴藥后1天內若遇雨需重新噴布。可抑制貯藏期洋蔥呼吸，延遲發芽。