(一)食用水解魚蛋白  由于濃縮魚蛋白是不溶性的，在擴大應用方面受到很大限制，研究者開始研究可溶性的水解魚蛋白。用酸堿或酶將魚蛋白進行部分或全部水解使其成為水溶性的蛋白質，即是水解魚蛋白。由于采用不同的水解方法和條件，有的產品在水中分散度很高，有的具有發泡能力，有的具有乳化能力，有的具有強保水性和膨脹性，因此其應用范圍除了作為營養補充劑外，還可作為乳化劑、發泡劑以及其他食品中的填充劑。由于各國使用的方法及工藝條件不同，水解魚蛋白的工藝很多，這里僅介紹兩種我國生產食用水解魚蛋白的方法，供大家參考。
    第一種方法  將洗凈的原料搗碎后加5倍量的0.25％氫氧化鈉稀溶液進行水解，浸漬16～20小時后，濾去不溶性的結締組織，用醋酸中和到pH 4.5～5，使蛋白質呈絮狀沉淀，過濾后洗到中性。將所得蛋白質在-10℃凍結約20小時呈海綿狀，取出壓去水分，用5％醋酸乙酯、酒精溶液反復回流進行脫臭，再用乙醚脫脂即得半成品。將半成品加8倍量1.5％氫氧化鈉溶液，在水浴上加熱1小時，用10％醋酸中和到pH7，按液量加入1％過氧化物使其澄清，再將其濃縮一半體積，進行噴霧干燥，即得成品。
    第二種方法  將脫脂魚粉加4～5倍量水和6％～10％石灰，直接利用蒸氣加熱至141℃水解3～4小時后用板框壓濾機過濾，濾液加熱濃縮到33％濃度，即可直接作為發泡劑使用，如果要求制成干粉，可再進行濃縮，噴霧干燥。
    (二)藥用水解魚蛋白  包括蛋白胨、口服和注射水解魚蛋白等。很多動物性蛋白都可用來生產這類產品，如酪蛋白、血纖維、動物肉等。魚蛋白是藥用水解蛋白的很好原料。蛋白胨和蛋白SHI是蛋白質水解的中間產物，是微生物繁殖的良好基質。蛋白質水解條件不同，產品中胨和SHI的比例也不一樣，胨的比例高者稱為蛋白胨，SHI的比例高者稱蛋白SHI。生產蛋白胨的原料除魚肉、魚粉以外，很多含有魚蛋白的廢料也可利用，如國外用濕法生產魚粉時的壓榨液濃縮后生產蛋白胨。
    生產蛋白胨所用的水解劑，國內主要采用豬胰、商品蛋酶。上海魚品加工廠是生產藥用水解魚蛋白品種最多的工廠，采用脫脂帶魚魚粉，以豬胰和AT 3.942蛋白酶為水解劑生產生化試劑蛋白胨和水解蛋白注射液。
    蛋白質水解程度不同，其產物的組成也不同。如用AT 3.942為水解劑，在其他條件相同的情況下，水解6小時，其產品中以蛋白SHI為主；水解13小時，其產品以蛋白胨為主；水解22小時，其產品中以氨基酸為主。這樣就可以控制水解的時間，使產品成為蛋白胨、蛋白SHI或水解蛋白注射液。水解蛋白注射液是一種含有5％水解蛋白、5％葡萄糖的靜脈注射液，對于缺乏蛋白質的病人，因腸胃功能衰退、嚴重燒傷、失血過多、不能口服的病人，注射水解蛋白是補充蛋白質極為有效的方法。
    印度制備了一種口服的水解魚蛋白，被認為是腸胃病患者的有效藥物及營養補充劑。這種水解魚蛋白一般采用鯊魚肉為原料，先將魚肉切碎，用水洗滌幾次，放在0.5％醋酸溶液中加熱到80℃煮1小時，至魚肉用手壓緊呈纖維狀時，用水洗滌除去膠質物和酸液，再用壓榨機將其水分壓出。壓榨餅用乙醇或石油醚脫脂，脫脂物用1％氫氧化鈉在70～80℃下進行水解、過濾，除去不溶物后用稀醋酸中和到pH 5～7，使蛋白質沉淀。濾取的蛋白質用水洗滌、干燥、粉碎、篩析，即得水解魚蛋白。
     (三)飼用水解魚蛋白  生產飼用水解魚蛋白使用的原料大多是整條魚或帶有內臟的廢料，常利用魚體自身的酶類進行水解。在水解過程中如用酸抑制腐敗生物，稱為酸貯飼料，此種制品一般是液體。如果發酵時采用強酸，則需要中和之后才能喂養動物。如果采用弱酸，則可直接飼喂動物。
    日本的可溶性蛋白飼料是用魚或魚內臟經自身蛋白酶消化后，將溶體濃縮后用麥麩或米糠吸收，這種產品稱為魚汁糠粉。英國實驗室制備酸貯飼料中試工廠的方法是將原料魚磨碎，加入原料重3.5％～85％的甲酸充分混合，輸送到發酵罐，液化溫度18～20℃，發酵24～48小時。液化后通過16目篩將固體殘渣分離，將液加熱到50℃，用離心機分離油脂。此種制品腐蝕性不大，可直接飼喂動物。其他蛋白質廢料，如雞毛、頭發等均可以作為水解蛋白飼料原料。生產水解魚蛋白設備簡單，成本低，具有良好的經濟效益。