利用秸稈氨化所用的窖、堆、袋、缸等容器，原封不動長期保存。但要加強管理，防止塑料膜有破口，切忌灌進雨水，否則會霉變和腐爛。因為氨化好的秸稈，內部結構變得松軟，養分也得到增加，在一定溫度條件下，如氨氣跑掉和空氣進入，十分適應于各種微生物活動。低溫時造成霉變，形成霉云;高溫時，腐敗菌等活躍會造成腐爛。最主要的是空氣和水分，因此要嚴格控制這兩個條件，即能不漏氣、漏水。一旦出現漏氣、進水，一定要抓緊時間曬干。

室內儲存

打開氨化窖、堆后，必須迅速放氨曬干。曬干的氨化秸稈，可以像干草一樣放進草棚儲存。當然，儲草棚也要防止漏雨，這和干草儲存是一樣的。

大垛儲存

如果長秸稈氨化，可以在曬干后堆成草垛儲存，具體方法同干草一樣，最好能用塑料薄膜、席子、草簾等遮蓋。保存3個月～5個月，營養物質的損失不會太大，特別是冬季保存更好。但在多雨季節，這種方法是不適宜的。