發生水患后要及時組織人員，投入搶救落水的活畜或擱淺在灘途而存活下來的畜禽及飼料等，減少經濟損失，盡快離開惡劣的災害環境，轉移到地勢較高、干燥的安全地帶。搭蓋臨時圈舍和隔熱性能好的遮陰涼棚，或遮陽網，防止烈日暴曬或強降雨的襲擊，確保正常生產。

無害化處理動物尸體

在洪水期溺死的畜禽，尤其天熱易腐臭，如為傳染病尸，還可能把疾病傳染給健康畜禽。為消除其危害，必須盡早盡快于48小時內，把動物尸體打撈運走，做無害化處理。投入運送和處理尸體的人員，要著裝工作衣、口罩、手套、風鏡和水靴等，做好自我防護，防止感染。工作后，著裝衣物要消毒好，防止帶菌傳播。運送尸體車船，要內襯鐵皮或鋪襯塑料膜，也可把尸體裝入不透氣的塑料袋內，把口扎緊。但要把尸體的口、鼻、眼、耳、肛門等天然孔，用來蘇爾水泡過的棉球堵塞住，防止污染環境。尸體爬臥污染的地面，要挖除污染的地表土15厘米和尸體一同運走，并消毒尸體污染處。運送尸體的車、船、工具和工作衣物用后要嚴格消毒。對于非芽胞菌致死的動物，可選用常規深埋法處理；對于炭疽、口蹄疫、水泡病等死畜，應選用焚燒法，把尸體澆上煤油，直到把尸體燒成黑碳，再放入1米深的大坑里壓實；對于非傳染性普通病或非烈性傳染病尸體，可選用常規發酵法無害化處理。但無論選用何種方法處理，都要選擇遠離住房、道路、水源、農田、電線等僻靜和地勢高的地點進行，以防止疫病的傳播擴散。

消毒水患污染的畜舍

發生水患后污染的畜舍和周邊環境，有溺死畜禽、老鼠等大量致病菌和人畜糞便，尤其在高溫條件下，使污染的環境進一步惡化，同是畜禽疫病可能暴發的主要傳染源。俗話說“大災之后必有大疫”，即是這個道理。但只要高度重視、科學防疫、排出積水、清理圈舍、改善環境、徹底消毒，就能有效地預防和控制疫病的流行。若為傳染病，要深埋死畜，糞便一律焚燒；若為普通病畜糞便，可堆肥發酵，高溫無害化處理。污染的地面、圈舍、用具應徹底消毒，可用10%火堿水、20%漂白粉或0.1升汞水消毒，第二天再消毒一次；如為烈性傳染病，可每間隔1小時消毒一次，連續消毒3次。污染的土層表面，應鏟出15厘米，再換上新土，避免重復感染。

保護水源保畜禽健康

水質的好壞與畜禽健康有密切關系，尤其在洪水期，則顯得更為重要。必須加強水源的保護和管理，才能防止病從口入，保證畜禽健康。為此，在洪水期的畜禽一定要保證喝上清潔、沒被污染的機井水，切不可飲用被洪水污染的水。如洪水流入井口，受到污染，應把井口周邊用沙土袋打起圍堰后，用水泵把污染的井水抽干，滲入好水后，再用漂白粉消毒。對于較清潔、混懸雜質少的井水，可向井水或水缸中每立方米水添加新鮮漂白粉6～10克，進行殺菌消毒。畜群放牧或出遠門前，應飲足水，防止牲畜喝污染的臟水。如飲用污染的河水，可把水打入桶中，每升水中添加氯1～3毫克，水質混濁量大，可再適當添加，但必須保證漂白粉和水混合攪拌，30分鐘后再飲用，以保證殺菌效果和飲水安全。

災后畜禽要精心喂養

過水后的畜舍，應清除淤泥，換上新土、夯實，維修好畜舍，再用10%火堿水消毒。檢查料庫的飼料，有無變質，水泡過的要經過水洗晾曬，已經過水發霉變質飼料不能再喂，防止中毒或得其它病。被洪水泡過的秸稈，沒變質的可適量和好草混合喂。野草、野菜應洗凈和粉碎，摻到飼料中喂。被洪水污染的飼槽、水桶等用具，要消毒或水燙。放牧的畜群，要選用沒被洪水污染的草地放牧，以免感染疾病。

給健康動物免疫接種

發生水災后，要針對歷史上發生過的動物疫情和現行發生的疫情，及時給沒有感染發病的健康動物接種疫苗。但要有計劃地按免疫程序進行，以獲得好的免疫保護。如發生在牛、羊、豬、鹿、駱駝等偶蹄獸口蹄疫時，要及時上報有關動物防疫站，嚴格封鎖，病畜和同群畜禽隔離急宰處理。對污染的場區、畜舍、用具等徹底消毒。而對周邊附近的牛、羊、豬等可進行緊急預防接種，對牛羊常用A型和O型弱毒疫苗注射，對豬可用O型滅活苗注射。