一、引起雙重感染。正常動物機體的消化道、呼吸道及生殖泌尿系統內寄生著多種細菌，這些細菌之間相互制約，維持平衡共生狀態。如果長期或大量亂用抗生素，會使敏感的細菌生長繁殖受到抑制，而不敏感的細菌大量繁衍，產生新的感染，即雙重感染。這種感染多是由于濫用廣譜抗生素藥而引起的，而且治療比較困難。

二、產生毒性反應。抗生素應用劑量過大可引起畜禽神經肌肉沖動傳導阻滯，誘發呼吸肌肉麻痹，呼吸抑制，肢體癱瘓，甚至死亡。

三、引起人的中毒或過敏。長期或大量應用抗生素，可使畜禽肉、奶等可食產品中殘留大量抗生素，人吃后會引起中毒或過敏。