破壞腸道細菌(消化系統)的生態平衡  抗生素能夠治病是通過它殺死或抑制細菌的生長來達成的，但它對細菌的殺滅作用是沒有選擇性的，也就是不管是有益還是有害的細菌它同樣殺滅，這就造成用藥的同時把很多對豬消化吸收有幫助的細菌如雙歧桿菌、乳酸桿菌等也消滅了。豬體從采食飼料中得到的營養如氨基酸、鈣、磷、糖等等是由腸道吸收的，其中小腸是直接吸收器官，大腸則是通過對食物酵解(發酵)來完成對養分的吸收，同時制造了部分體內所需要的營養如維生素，這個過程必須有（前面說到的有益菌）參與才能順利完成，否則就會出現消化吸收不良而誘發腸胃病、生長發育不良等癥狀。

形成藥物依賴或耐藥性  由于長期濫用藥物，導致豬體內有益細菌得不到繁殖，腸道生態處于一種不平衡狀態，一旦有害細菌如大腸桿菌，沙門氏菌等適應了藥物(產生耐藥性)，遇到環境變化(應激)或停藥，此時有害細菌就會大量繁殖而導致發病，這時候采用藥物治療效果就會大大降低，甚至完全失效。

過量用藥會導致內分泌失調  實踐證明長期大量使用抗生素，會導致動物體內酶系統分泌能力下降，從而直接影響食物的消化、吸收、轉化效率。