隨著養豬規模的不斷擴大，疾病的發生率也不斷上升，消毒成了集約化豬場控制與預防疾病發生的重要措施。進行定期消毒的目的在于預防病原微生物的入侵、減少死亡率與維護豬群的健康穩定。

醛類

常用的醛類消毒劑有甲醛與戊二醛。甲醛具有極強的殺菌力，與氧化劑（高錳酸鉀等）結合后所產生的氣體用于熏蒸消毒，是空欄后封閉式消毒的最佳消毒劑。但甲醛刺激性氣味強，對皮膚、黏膜有強烈的刺激作用，多用于浸泡、熏蒸消毒；戊二醛氣味較小，殺菌作用較甲醛強2倍～10倍，滲透能力強，對任何細菌、病毒、霉菌及頑固的芽孢等都有極強的殺滅作用，但對碳鋼制品有一定的損害，可用于環境及豬體表的消毒，還可用于熏蒸消毒、因其不宜在物體表面聚合，故效果優于甲醛。

石炭酸（酚）類

此類消毒劑屬石油的附屬品，如煤餾油酚（克遼林）、皂化煤餾油酚（來蘇兒）等，有特殊的氣味，滲透力強、價廉，不受有機物的影響，對一般的霉菌、細菌效果尚可，但對病毒、梭菌的芽孢殺滅力不強，且具有腐蝕性和刺激性。一般適用于門口、水泥、磚砌的畜舍空欄、水溝及堆肥場的消毒。

堿類

常用的有燒堿（94%以上的氫氧化鈉）、生石灰、石灰乳。一般養豬場最常用的是燒堿，因其價廉、穩定性好，能迅速滲入畜禽欄縫及糞尿等有機物中，具有膨脹、去污作用，能達到脫污、清潔兼殺滅細菌、病毒、蟲卵的效果，一般清洗欄舍、飼槽時，可用堿水淋濕浸泡后再沖洗，尚可加入大門口、人車進出的大水池、畜舍門口的消毒池中。因其腐蝕性強，須空欄使用。

過氧化物類

過氧乙酸、過氧化氫與臭氧為國內常見的過氧化物類消毒劑。其中，過氧乙酸的殺菌能力最強，使用最廣泛。該類消毒劑殺菌譜廣，對細菌芽孢、病毒、霉菌等均具殺滅效果，但有刺激性酸味，易揮發，有機物存在可降低其殺菌效果，對畜禽欄舍有一定的腐蝕性。常用于浸泡、噴灑、擦抹、噴霧等的消毒，也可用于空欄消毒。