一、手摸診斷。患鴨霍亂病的病鴨，死亡之前常搖頭，死亡時，嘴、鼻流血水，嗉囊里充滿飼料，手摸嗉囊感覺較硬；而患鴨瘟的病鴨，流涕流眼淚，死亡時眼睛充血，嗉囊空空無食物，手摸嗉囊較松軟。
　　二、藥物與病程診斷。鴨霍亂一般是零星發生，突然死亡，尤其是正在產蛋的母鴨較為多見，鴨霍亂病還能傳染給雞、豬等，而鴨瘟流行范圍較廣，不能傳染給雞和豬，一般多在發病后5天左右死亡。鴨霍亂可用磺胺類藥物或抗菌素治療，但對治療鴨瘟卻無效。
　　三、剖檢診斷。翻開鴨肛門，出現充血、水腫或有黃綠色假膜者，則可判斷是鴨瘟。發生鴨霍亂的病鴨或死鴨，肝臟表面有許多針頭大小的灰白色的壞死；而鴨瘟則沒有這些癥狀，但全身皮膚表面有許多血斑點，頭頸部出血更為嚴重。