鑒于目前對雞煙曲霉菌病尚無特效的治療方法，重在避免霉菌的孳生。所以，雞舍建造時要向陽，保持圈舍內衛生、干燥，尤其是加強雞舍的通風，可明顯減少空氣中的霉菌數量，并定期消毒，一般用0.1%的次氯酸鈉溶液或0.1%～0.3%的過氧乙酸溶液帶雞噴霧消毒，每平方米雞舍用藥5毫升，每周至少消毒1次，可消滅雞舍頂棚、墻壁、地面、用具和空氣中存在的煙曲霉菌，避免其經呼吸道感染雞群。

及時清除糞便和污染的墊草，防止墊草發霉、發酵。為防止草垛發霉，可在草垛下面用木架等墊高，使其離開地面，防止受潮；垛頂用塑料布封好，且在草垛四角用石頭固定，防止風將塑料布刮跑以及防漏雨，并在草垛四周挖溝排水。

把住病從口入關，是預防該病的關鍵，主要抓好飼料的保存。要經常檢查庫房內的溫、濕度，不能用發霉的飼料喂雞，保證飼料的新鮮。水槽、飲水器、飼槽每天要清洗1次，并用開水消毒。飲水時每10公斤水中加0.5%的百毒殺0.5～1毫升消毒。

加強孵化器的衛生管理，首先要做好種蛋和孵化器的消毒，每立方米用28毫升的福爾馬林熏蒸消毒20分鐘，以控制霉菌的危害。對霉菌和真菌的消毒最好選用3%的石炭酸或1%的甲醛溶液。也可用新型熏蒸消毒劑固體甲醛，每立方米用藥3.5克，但需保持室溫24℃以上、濕度75%，才能發揮較好的消毒效果。

雞群發生煙曲霉菌病時，用制霉菌素治療有一定的效果，一般每100只雞用50萬國際單位拌飼料投喂，每天2次，連用2～3天。雞渴欲增強、用水量大時，可用硫酸銅20000倍液代替飲水，讓雞自由飲用。另外，也可在飲水中添加合霉素等藥物，每公斤水中加入150毫克，對控制煙曲霉菌病的發生有一定的效果。