首先要充分了解獸藥，科學用藥。一般肉鴨發病有的是由病毒引起的，如鴨瘟、鴨肝炎等；有的是由細菌感染的，如漿膜炎、大腸桿菌病等。病毒病常采用干擾素、血清、卵黃抗體、黃芪多糖等藥物治療，細菌病選用高效的抗菌藥物進行治療。肉鴨用藥治病，要掌握中藥和西藥相結合、抗病毒和抗菌病相結合的原則，不能盲目大劑量給藥。

其次是制定合理的給藥方案、給藥方式。肉鴨用藥上首先要結合病情制定合理的給藥方案，最好在獸醫的指導下進行。用抗菌藥治病時必須有合適的劑量，間隔時間及療程。療程應充足，一般的感染性疾病可連續用藥3－4天，癥狀消失后，再鞏固1－2天，以防復發，磺胺類藥的療程更長。

再就是定期消毒，加強免疫。定期進行消毒對防治鴨病具有積極作用。應該選用有機氯等高效低毒的消毒藥，目前用于肉鴨養殖場環境消毒的藥物有：醛類（甲醛、戊二醛）、堿類（如燒堿、生石灰）、鹵素類(氯制劑有漂白粉、消毒王、滅毒威等)、過氧化物類（如過氧乙酸）、季胺鹽類（如百毒殺）。制定消毒程序，一般10－15天進行一次帶鴨消毒，5－7天一次環境消毒。同時，疫苗預防必不可少，要加強疫苗的防疫，結合當地疫病制定合理的免疫程序，雖然肉鴨生長周期短，但是藥物預防不能代替疫苗預防。