在養鴨過程中若衛生防疫稍有疏忽，往往引起大批發病，甚至死亡。因此，養鴨必須堅持“預防為主，防重于治，嚴格消毒，及時治療”的原則，建立健全鴨病防疫體系，制訂疫病的凈化、撲滅規劃及實施方案，營造良好的內外環境條件，確保鴨健康生長發育。
     一、種鴨場
     1．種鴨場應設在上風向，與商品鴨場、屠宰場或其它養禽場保持在100米以上。每棟鴨舍之間最近在10米以上。場區設進場門和糞污運輸門。進場門設車輛消毒槽或池，消毒藥可用20％火堿水、生石灰等。設人員出入消毒室或消毒走道以及更衣室。2．鴨運動場或鴨舍內墊干沙土。洗浴池或塘應為流動水，為種鴨創造洗浴、運動和交配的良好條件。產蛋鴨舍內在墻四周設產蛋槽，每五只產蛋鴨設一蛋糟，勤換墊草。要求凌晨產蛋后每隔二小時揀1次蛋，以防細菌污染侵入蛋內。3．種鴨于產蛋前注射一次鴨肝炎雞胚弱毒疫苗，兩周后重復一次，以后每隔半年注射一次，以提高免疫效果。
     二、孵化室
     1．孵化室應設在種鴨場附近，位于上風向，并與商品鴨場隔開一定距離。孵化室嚴禁非本室工作人員人內。工作人員進出必須嚴格消毒，更換工作服、鞋帽等。2．孵化器每次用過后清除污物，用5％次氯酸鈉擦洗。蛋盤沖洗涼干后置入孵化器內，進行福爾馬林熏蒸消毒(每立方米體積用福爾馬林48毫升，高錳酸鉀24克)，20分鐘以后通風備用。出雛器按雛盤或箱用0.1％新潔爾滅清洗，然后熏蒸消毒。貯蛋室應設蛋熏蒸箱，每天收取的蛋應熏蒸消毒一次。3．嚴禁入孵糞污蛋或由池塘、運動場揀回的污染蛋，以免孵化中爆破而污染整個孵化器內環境。
     三、育雛舍
     1．育雛舍門口設消毒槽或池。非本舍工作人員不得入內。2．育雛舍每次用過后進行徹底消毒。鐵絲網床或竹板床的床面、角落隔板、墻壁地面等處，用高壓水籠頭沖洗干凈，不應有糞便滯留，待晾干后，關閉門窗，用福爾馬林熏蒸消毒或用0.2％過氧乙酸噴霧消毒整個鴨舍與床面等。3．育雛應采用全進全出制度。即同日齡的鴨進入，同日齡的鴨轉出，中途不得引進新鴨，以便徹底消毒飼養管理。嚴禁從有疫情的鴨場購入雛鴨，注意剔出病殘弱鴨。4．育雛舍注意防寒防暑，要求室內溫度為：第一周齡29.4—32.2℃；第二周齡為23.9－26.7℃；第三周齡為21.1—23.9℃。加強室內通風換氣，保持空氣新鮮。飼料盤應每次喂過食后用清水沖洗，如果為自由采食者則每天至少沖洗1—2次。
     四、中鴨舍
     1．中鴨生長階段是多種疾病暴發適宜日齡。如小鴨病毒性肝炎、鴨傳染性漿膜炎、鴨副傷寒、鴨大腸桿菌性敗血病、鴨鏈球菌病和鴨球蟲病以及營養代謝病等。這些疾病的發生都與飼養或環境衛生有密切的關系。加強飼養管理與環境衛生對提高成活率至關重要。2．鴨舍進口處設消毒槽或池，非本舍工作人員禁止入內。3．每天清掃鴨舍與運動場，加鋪干沙，墊草或鋸末墊料。鴨舍應通風良好，每平方米12－15只鴨為宜。定期加喂驅蟲藥預防球蟲病的發生。
     五、育成鴨舍
     1．鴨舍與運動場應每天清掃，墊干沙土或木屑。夏天炎熱季節設涼棚，防潮防暑；冬天墊草防寒保溫。2．每批鴨全部出售后進行一次大消毒。如果是按活重鴨分批出售，亦半月左右消毒一次。同時加強霍亂等病防治。
     六、新生雛鴨的保健
     雛鴨人舍前對育雛舍和用具進行徹底消毒，提前12小時達到育雛要求的溫度。雛鴨入舍后先飲水后喂料，并飼喂一些糖水和抗應激的電解質和維生素，或微生態制劑，以增強雛鴨的抗病能力。
     七、鴨的免疫
     建立合理的免疫程序，適時進行免疫接種。