水庫施肥能促進浮游植物生長,為鰱、鳙魚提供充足餌料。與農作物施肥相似,氮、磷、鉀必須適當搭配。氮肥以尿素、硫化銨、硝酸銨和碳銨為主,其中尿素含氮最高,而碳銨最便宜,且見效快、利用率高,效果很好。水庫因水面大、農家肥一般不能滿足魚類攝餌的需求,必須以施化肥為主,其見效快、成本低,投入產出比約為l:2。
養殖前期,由于水體含鉀量較多,可只施氨、磷肥。尿素和過磷酸鈣的施用比例為l:2。若施用碳銨,則與其過磷酸鈣的比例應為2:1。養殖中后期應施一定比例的鉀肥,碳銨、過磷酸鈣和氯化鉀的百分比為70:22:8。
水庫施肥必須先施磷肥、后施氨肥,次序既不能顛倒,也不能同時進行,以防產生無肥效、反而有毒的偏磷酸;也不能施用顆粒或粉狀原肥,以防魚類誤食中毒,應將其溶化并稀釋后,選擇光照條件好的水面用噴霧器均勻噴灑。氣候正常時溢洪道進口不宜施肥,暴雨時期大量溢洪時停止施肥。施肥時間、數量與水溫關系密切,光照好、水溫20℃以上時,浮游植物生長快,施肥后7-10天即被充分利用,所以6-9月應每隔7-10天施化肥一次,時間選擇睛天上午的8-10時,陰雨天不宜施用,而6月以前及9月下旬至10月應每隔10-15天施一次,時間和施用量應視水質和水溫而定,每次施肥3-3.5kg為宜,透明度保持40cm以上。