秋季仍是水產養殖病害防治的關鍵季節，養殖戶千萬不可麻痹大意。水產動物發病季節雖以高溫季節為主，但是秋季水溫仍較高，病原生物活動仍很猖獗。另外秋季池塘承載量已經很大，加上晝夜溫差大，早晨多霧，夜間上下水層的對流易引起全塘缺氧，造成泛塘。秋季池塘承載量大，殘留飼料、排泄物、腐爛的水草、死亡的生物體遺骸等沉入水底，使淤泥增厚。這些有機物分解消耗大量氧氣，產生大量有害氣體，引起養殖動物慢性中毒；水體下層長期缺氧，病菌大量繁殖；水體酸度增加，養殖動物的血液栽氧能力下降。這些都是引起秋季水產動物病害暴發的因素。

因此，秋季要保證水產動物安全，在養殖管理上需要做好以下幾點：⑴改良水質、底質。提高水位，降低養殖動物的相對密度，每10-20天加水1次，每次加水10-20厘米。適時使用增氧機，達到增氧、攪水的目的，促進底泥釋放出氮磷鉀等營養元素。使用光合細菌、EM菌、芽孢桿菌等微生物制劑，改善水體生態環境，抑制致病菌繁殖。用生石灰化漿全池潑灑，調節水體PH值，也可使用底質改良劑，使水中的懸浮有機質沉淀，并使底質疏松通氣。⑵科學投喂。秋季是水產養殖動物生長最適時期，要適當增加投飼量，延長吃食時間。選用營養平衡、品質穩定的配合飼料，不喂單一、過期、霉變的飼料。投喂配合飼料的同時適當增投青飼料。越冬魚種池要盡量晚停食。⑶正確診斷，對癥下藥。有許多不同的疾病有著相似的癥狀，需要進行正確診斷。另外注意正確的用藥時間、方法和用量，注意藥物之間的合理配伍，提倡使用中草藥代替部分抗生素來防治疾病。