水產用微生態制劑按形態一般分為兩類：一類是固態微生態制劑；另一類是液態微生態制劑。使用方法包括：魚苗浸浴、餌料摻喂、全池潑灑。

魚苗浸浴：將放養前的種苗放在稀釋1000-2000倍的液態微生態制劑中浸浴1分鐘，然后放養。

餌料拌喂：每噸餌料用液態微生態制劑1-2升。干料：將微生態制劑稀釋200倍后均勻噴灑，將餌料表面噴濕，噴完即喂；濕料：將稀釋200倍的菌液直接拌料，拌勻即喂。

全池潑灑：每3-5畝水面（1米水深）使用1升液態微生態制劑或1公斤固態塘底凈微生態制劑，液態微生態制劑適當稀釋后每10天左右潑灑一次。塘底凈每1-2個月使用一次。如遇水質惡化或養殖密度較高可增加潑灑次數及用量。

微生態制劑使用注意事項：

微生態制劑的使用應與殺菌劑的使用間隔2-3天以上。

液態微生態制劑使用前應搖勻，存放在陰涼避光處，如遇變質的應停止使用。

如微生態制劑出現結冰情況，應在自然條件下解凍，切不可采用蒸煮等人工加熱方式解凍。

塘底凈等固態制劑應在魚類攝食后使用，防止魚類搶食。

全池潑灑應在水溫及肥度適合時使用，以達到最佳效果。

開封后未用盡的微生態制劑應密封好后保存。