藥物失效：魚病防治用藥，特別是漂白粉、生石灰易受潮失效，因此在使用前要先看性狀。漂白粉應為干燥塊狀粉末，生石灰應為塊狀。必要時漂白粉要測定有效氯。平時，藥物應按規定妥善保管，超過保質期的藥物避免使用。　　

水質過肥，降低藥效：有些藥物如硫酸銅，按常規使用時會與水體中的豐富有機質、礦物質等發生反應而被消耗，從而降低防治效果。　　

病原具有抗藥性：魚類病蟲害對藥物的長期使用會產生抗藥反應，尤其對同一種藥物反復使用，抗藥性的增強更為明顯。在藥物使用過程中各種藥物交替使用是解決這一問題簡單而有效的方法。

用藥量不足或過量：用藥前水體體積計算與稱藥量不準是造成用藥不足與過量的主要原因。藥量不足時池水達不到所需濃度，造成防治效果不佳。藥量過多時會超出魚類忍受限度，造成魚體損傷或死亡。

用藥療程不足：有些魚病在使用藥物一個療程后并不能起到滿意的效果，而需要使用兩個或更多個療程。若療程不足，病蟲害殺滅不徹底，就會出現治愈率低或該病再次復發現象。

藥物溶解不完全：固體藥物藥按要求充分溶解，不能有顆粒或塊狀物存在，以免被魚體誤食致死，同時水體也達不到規定濃度，病原體未能殺死。

未對癥下藥：盲目亂投藥是防治魚病的大忌。這樣即達不到防治病害的目的，又會造成浪費，甚至還會起副作用。