人工生態環境養殖法即人工創造一個符合無公害水產品生產環境條件的水域，依據水生生態學原理選擇合適的養殖品種進行無公害養殖。例如，種草養殖蝦、蟹，現已成為發展無公害蝦、蟹養殖，建設大面積生態養殖基地的主要模式之一；在魚池埂子上種植葡萄或藤蔓類植物用以搭建遮陽棚養蛙，已成為蛙類生態養殖普遍采用的類型；魚、畜、禽、草（菜）有機結合養殖法，即把畜、禽、水產養殖與飼草種植結合在一起，用無公害商品飼料飼養畜、禽、魚，池埂邊坡種飼草飼養魚類和禽畜，畜禽糞肥經沼氣池發酵后作飼料和培育水質的肥料。冬季清塘的魚池肥泥又可用作種草的基肥，從而形成了物質流的良性循環，這種人工生態系統養殖法，是無公害水產養殖很有發展潛力的一種形式。

二、微生物制劑養殖法

近年來，微生物活菌制劑逐步在水產養殖中得到應用推廣，這給無公害健康養殖生產提供了有力的保障。目前較多使用的產品有光臺細菌制劑，芽孢桿菌、乳酸桿菌制劑，益生素，西菲利，EM制劑等。它們能分解水體中的殘餌、魚糞等有機質，降低水中的氨氮含量，使養殖水體變清潔，從而改善了環境；另外它們能改善養殖對象的胃腸道內環境，增強食欲，促進生長，提高飼料報酬；同時它們還能強化養殖對象的免疫功能，提高免疫力，增強抗病能力；還能強化有益群，防止和減少細菌性疾病的發生與蔓延。

三、多品種立體養殖法

水生動物在食物鏈的調控作用下生活在不同的水層，形成了相對穩定的生態平衡，構成了生物的多樣性，對生態環境的保護和改善起著重要的調節作用。因此將這一原理應用于水產養殖生產上，就形成了多品種立體混養法。例如，以草魚（或鳊）為主養魚，同池混放了一定數量的鰱、鳙、鯉、鯽等就是一種代表模式。該模式的多品種組合非常合理；用草料（或部分商品料）別喂養草魚（或鳊），他們排出的糞便可以肥水，有利于培養浮游生物，鰱、鳙濾食浮游生物降低了水質肥度，而鯉、鯽又以草魚吃剩的殘餌，碎屑和底棲生物為食，起到打掃環境衛生的作用。

四、水產品與農作物共生互利養殖法這主要是指過去的“稻田養殖”“茭白田養殖”“慈菇田養殖”“藕田養殖”等方法，現在必須按照無公害水產品的標準進行生產，嚴格控制農藥的使用，減少藥殘，確保水產品綠色無公害。

五、開放式流水或微流水養殖法

開放式流水或微流水養殖法主要是利用河流及湖泊水庫水體的自然落差進行流水養殖。由于水質好、環境優，配套使用無公害飼料，主養名優魚類，只要飼養密度適當，一般很少生病，故不需用藥或很少用藥，產品通常能達到無公害水產品的標準。