1．池塘在春天注水后使用。魚塘清塘后，向塘里注水，667平方米（1畝）水面用1～2公斤EM菌代替石灰均勻噴灑，可達到凈化水體的目的。用時要注意兩方面：一是要等到清塘藥物毒性消失后噴灑；二是不能和石灰同時使用。

2．定期在池塘中使用。在魚種放養后，667平方米用1公斤“調水王”潑灑水面，開始15天1次，以后1個月1次，若發現水質有惡化跡象，用量應適當增加。

3．投喂顆粒料時使用。由于EM菌具有節省飼料、降低成本、提高水產品品質等功能，所以在投喂顆粒飼料時，可先用較高濃度的EM菌稀釋液噴灑顆粒飼料，以噴濕為度，噴完后立即投喂。

4．魚塘使用糞肥時使用。使用糞肥的同時施用EM菌，效果會更佳，不但可以除氨去臭，還可以殺滅有害菌。

5．防治魚病時使用。在魚病季節到來之前，如“大麥黃”時，草魚腸炎病流行，此時若用EM菌拌餌，能夠有效地預防魚類腸炎病的發生流行。

二、使用EM菌時應注意的事項

1．EM菌不能與殺菌藥物、抑菌藥物同時使用，若要使用，應相隔5天以上。

2．EM菌應持續使用，一般間隔15～30天使用1次。

3．水質惡化、底質污染嚴重的要加量使用(也可以配合其他的化學性改底產品如“底凈寶”使用)。

4．EM菌應在晴天上午使用，因為EM菌的活化和繁殖需要耗氧，防止造成池水缺氧。

5．EM菌應在常溫下避光保存。