將藥物化為溶液，放于容器中將魚體浸泡。浸泡時間以魚體能耐受為宜。即當魚在藥液中有煩躁不安的動態時，應迅速放入大池（連魚帶藥液一起倒入池中，不要再轉手，以免損傷魚鱗等體表器官而造成損失）。一般地講，浸泡時要看水溫和溶液濃度。即水溫高，藥液濃度大，浸泡時間短。水溫低，藥液濃度低，浸泡時間長。如果在炎熱的夏天，或水溫較高時，魚類十分活躍，魚類越活躍，耗氧越高，體力消耗越大，魚類越容易死亡，因此消毒動作應十分輕快，不讓魚兒受累，以免造成大批死亡。

最快速最安全的魚體消毒法是就池消毒，其具體做法是：在池中拉網，將魚類集中在魚池一角，以網身囤魚。魚類密集后，將已調好的藥液倒入囤網內對魚體浸泡，數分鐘后，輕輕放開圍網，讓魚回到全池。

為了減少魚類過度跳躍而耗費體力，在就池消毒的時間選擇上，在夏天要注意選擇氣溫低、水溫低的時間進行。如夏天的清晨，日出前進行。夏天水溫越低，消毒效果越好。魚活動十分緩慢，受傷的可能性就很少。

在魚消毒過程中，特別要注意保護魚鱗，不把魚鱗弄掉，弄掉了，魚皮就受到損傷。在魚鱗被網刮掉的同時，魚體表面的保護層——黏液也被刮掉，這樣，魚兒很容易被細菌感染，或長水霉菌，或中途死亡，給日后的治療帶來很多困難。因此，在對魚進行消毒時，要特別注意盡量少折騰，少轉容器，密度不要過大，倒魚動作不要猛，不讓魚兒受傷受累。