草魚出血性腸炎與細菌性腸炎病 發病初期兩者外觀癥狀極為相似，病魚體色發黑，體表輕微充血或出血，離群獨游，游動緩慢，食欲減退，打開腹腔可見腸壁充血。草魚出血性腸炎腸壁彈性較好，腸腔內黏液較少，鏡檢可見腸腔內有大量紅細胞及成片脫落的上皮細胞，細菌性腸炎腸壁彈性較差，腸腔內黏液較多，鏡檢腸腔內紅細胞較少，有部分壞死脫落的上皮細胞。防治草魚出血性腸炎，每立方米用二氧化氯0.3克加水全池潑灑，隔天再使用1次，同時每100公斤魚每天用大黃、黃芩、黃柏和板藍根各0.5公斤，再加0.5公斤食鹽拌飼料投喂，連喂7天。草魚細菌性腸炎，每立方米水體用1克漂白粉或0.3克優氯凈加水全池潑灑，同時每100公斤魚用大蒜素0.5～1克拌入10公斤精料中投喂，每天1次，連續投喂3天。

鰓霉病、細菌性爛鰓病與寄生蟲性爛鰓病 3種病外觀相似，病魚體色發黑，尤以頭部為甚，鰓上黏液增多，鰓絲腫脹，嚴重時鰓絲末端缺損，軟骨外露。發病晚期3種病極易區別，鰓蓋內表皮組織發炎充血，中間腐爛，有“開天窗”現象，鰓絲腐爛發白帶黃色，尖端軟骨外露，并黏有污泥或黏液為細菌性爛鰓病。鏡檢若寄生蟲數量多，則為寄生蟲性爛鰓病，若鰓絲末端掛著似蠅蛆一樣的白色小蟲，常為中華魚蚤病；鰓部分泌大量黏液則可能是隱鞭蟲、口絲蟲、車輪蟲、斜管蟲、三代蟲或指環蟲病。鰓色發白并略帶紅色小點，則是鰓霉病，鏡檢可見病原體菌絲進入鰓小片組織或血管和軟骨中生長。

細菌性白頭白嘴病與車輪蟲病 前者病魚體色發黑，漂浮在岸邊，頭頂和嘴周圍發白，甚至腐爛，且常發生于魚苗期和夏花階段；后者魚體大部分或全身發白。防治細菌性白頭白嘴病時，每立方米水體用五倍子2～4克浸泡30分鐘后全池潑灑；或每立方米水體用大黃2．5克放入20倍的0.3%的氨水中浸泡過夜，然后將汁液全池潑灑。防治車輪蟲病時，每立方米水體用硫酸銅和硫酸亞鐵合劑0.7克兌水全池潑灑。

豎鱗病與魚波豆蟲病 豎鱗病的魚體表粗糙，魚體鱗片豎立，鱗囊內積有半透明液體，嚴重時全身鱗片豎立，有時伴有體表充血，鰭基充血。后者發病是因大量魚波豆蟲寄生在鱗囊內而引起的豎鱗癥狀，需用顯微鏡檢查鱗囊液才可區別。防治豎鱗病時，每畝水面用艾蒿根5公斤、生石灰1.5公斤，調勻后兌水全池潑灑。防治魚波豆蟲病，冬季水溫2～8℃時，每立方米水體用硫酸銅和高錳酸鉀合劑0.3～0.4克兌水全池潑灑。