一般中低毒農藥對稻田養魚不會引起毒殺，如果超過正常用量，重者會引起魚類中毒，輕者也會影響魚類正常生長發育。對某些在環境中消解較為緩慢的農藥，也會使魚類慢性中毒。

    為了確保魚類安全，養魚的稻田在施用各種農藥防治蟲害時，均應事先加深田水，稻田水層應保持在６厘米以上，如水層少于２厘米時，對魚類的安全會帶來威脅。病蟲害發生季節往往氣溫較高，一般農藥隨著氣溫的升高而加速揮發，也加大了對魚類的毒性。施藥時應掌握適宜的時間。噴灑藥液時，注意盡量噴在水稻莖葉上，減少農藥落入水中，這樣對魚種更為安全。粉劑宜在早晨稻株帶露水時撒，水劑宜在晴天露水干后噴。下雨前不要施藥。噴霧時，噴霧器噴嘴應伸到葉下，由下向上噴。不提倡拌土撒施的辦法。使用毒性較大的農藥，可采取一面噴藥，一面換水；或先將田水放干，驅使魚類進入魚溝內。為了防止施藥期間溝內魚類密度過大，造成水質惡化缺氧，應每隔３～５天向魚溝內沖一次新水。等魚溝內藥力消失后，再向稻田里灌注新水，讓魚類游回田中。