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西瓜苗期主要病害有立枯病、猝倒病、葉部病害（如蔓枯病、炭疽病和細菌性葉斑病等病害）。防治立枯病，用瑞苗清噴淋;防猝倒病，用普力克噴淋，也可提前在覆土拌苗菌敵;防葉部病害，可用阿米妙收（嘧菌酯、苯醚甲環唑）+農用鏈霉素或者用阿米西達（嘧菌酯）+世高（苯醚甲環唑）+琥膠肥酸銅。
苗期一般用藥較少，要保證良好的用藥習慣，一旦發生藥害，應及時選用蕓薹素類物質混加點氨基酸或者腐植酸類或者海藻酸類物質，緩解藥害。
此外，當前育苗大多數采用小育苗棚，在排濕上，可采取在棚內行間鋪上稻殼，后墻邊放上玉米秸稈等，不僅可以增強棚室的保溫性，還可以調控棚內的濕度。在夜間或天氣不好無法通風造成棚內濕度過大時，秸稈可以吸收空氣中過多的水汽，減少空氣濕度和棚膜結露，從而減少病害侵染、傳播的可能。到了晴朗的白天，秸稈又會將吸收的水汽蒸發出來而變干，重新發揮作用。
