旱地果園只適合套栽耐旱藥材，如柴胡、黃芩、黃芪、知母等。水澆地可套栽較喜濕潤、不耐寒的元胡、附子、北沙參等。山區應套種喜濕、怕熱的黃連、黨參、麥冬、西洋參等。

根據樹種套栽

棗樹、柿樹等發芽較遲的果樹，可套栽喜光但有夏眠習性的貝母、元胡等。桃、杏、櫻桃等果熟期在最熱月份到來之前的果園，可套栽喜熱、怕踐踏的茯苓等菌類藥材，還可利用此階段樹冠的保濕、遮蔭作用掛袋生產木耳和銀耳。

根據樹齡套栽

幼齡果園因尚未封行,可在行間栽培1~3年收獲的地黃、遠志、黃芩、菊花、黃芪、牛膝、板藍根、草決明、白術、柴胡等喜光藥材。成齡果園則應選擇喜陰或耐陰的藥材套種。

根據樹冠情況套栽

樹冠及樹葉較稠密的果樹，如桃、櫻桃、杏、葡萄、柿子等，可套栽半夏、天麻、靈芝、黃連等喜陰濕的藥材。樹冠較稀疏的果樹，如蘋果、梨、山楂等則可套栽丹參、百合、天門冬等稍耐陰濕的藥材。