西瓜種子是傳播西瓜病害的重要途徑之一，多種病害都能通過種子帶菌進行傳播為害。因此，為控制和預防病害通過種子傳染，在播種前需對種子進行消毒處理，主要方法有以下幾種：

1、藥劑處理  用50%的可濕性多菌靈粉劑配制500倍藥液，將西瓜種子浸泡1小時后清水沖搓洗，可防止炭疽病等真菌病害；用10%的磷酸三鈉溶液，浸泡西瓜種子20分鐘，用水清洗干凈，可鈍化病毒活性，對防治西瓜花葉病毒有一定效果。

2、高溫燙種  在兩個容器內分別裝入等量的冷水和開水，水量為準備處理種子量的3倍左右，先將種子倒入開水中，迅速攪拌3到5秒鐘，然后立即倒入另一容器內的冷水并不斷攪拌使水溫降至30度左右，然后在室溫下浸種3到4小時，可殺死種于表面的病原菌。燙種時速度要快，時間不能太長，以免影響種子發芽率。

3、溫燙浸種  將西瓜種子放入55度的溫水中，不斷攪拌15分鐘，自然冷卻降溫后，浸種4到6小時。55度為病菌的致死溫度，浸燙種子后，可基本上殺死種子表面的病菌，也可鈍化西瓜花葉病毒。

4、強光曬種  選擇晴朗無風的天氣，將種于攤在席或紙等物體上，厚度不超過1厘米，使其在陽光下暴曬，每隔2小時左右翻動1次，使其受光均勻。曬種時不要放在水泥板、鐵板或石頭等物上，以免把種子燙傷而影響發芽率。曬種除有一定的殺菌作用外，還可促進種子后熟，增強種子的活力，提高種子的發芽勢和發芽率。