子實體被浸染初期，菌蓋表面出現小的黃色或蒼褐色變色區，以后變成暗褐色的凹陷病斑，菌蓋上的病斑呈圓形或橢圓形或不規則形，顏色加深并擴大連成不規則形的大型斑塊，致使淺色菇變為黃色，深色菇轉為醬色。在潮濕條件下，病斑表面有一薄層菌液，發出臭味，當病斑點干燥后，菌蓋開裂，形成不對稱的子實體。在發病嚴重的情況下，病斑連成一片，包括整個菌柄，全部變成褐色，不能直立，有黏，最后整朵菇變為黑褐色甚至腐爛。

一是保持菇場清潔衛生，及時清除病菇和廢料；菇房、床架、用具等用前要用金星消毒液50倍液或2%的漂白粉溶液等徹底消毒。

二是拌料時用疣霉凈1000倍液拌料，不可用高毒、高殘留的防污劑之類。

三是栽培金針菇的培養料應徹底滅菌。

四是在出菇期將出菇室的溫度控制在15℃以下，如果氣溫突然升高，要采取降溫措施，如開窗、揭膜、遮陽等，但要注意溫度波動不能過大，以防止水汽凝結，產生水膜。

五是發現病菇要及時摘除，并立即加大通風量，暫停或減少噴水，迅速降低溫度，并用藥控制病害發生程度。如可向料面噴灑5%的石灰水上清液，也可噴灑每毫升含100～200國際單位的農用鏈霉素溶液或300國際單位的土霉素溶液，每2天噴1次。施藥前后菇床停水1天，間隔3～4天再次用藥，連續用藥3次以上，能有效控制病害蔓延。發病嚴重時，應先清除病菇，清理料面或覆土后再按上述方法噴藥。