一、預濕不充分。稻草應充分浸泡，以利發酵。浸泡不充分的稻草翻堆時需大量補水，在二次翻堆之前不能補足水分的不但以后很難補足水分，而且還會影響菌絲的生長。
   
    二、翻堆不勻。翻堆時應按“生料放中間，熟料放兩邊；中間的放兩頭，兩頭的放中間”的原則。但很多人翻堆時不遵循上述原則，以致培養料發酵不勻，達不到翻堆的目的。
   
    三、采土不合要求。有些種植戶覆土時采用未經消毒處理的菜園土，有的則添加未充分腐熟的牛糞。這樣的營養土中帶有大量病菌和蟲卵，容易引發多種病害，給生產帶來損失。
   
    四、覆土時添加尿素。新的種植戶容易習慣性地把蘑菇種植和其他作物種植等同起來，覆土時添加尿素，造成氨味過重導致菌絲死亡。
   
    五、噴施“關門水”。在蘑菇種植前期高溫時噴施“關門水”會造成高濕環境，引起冒菌絲、結菌被及小菇死亡等現象，后期噴施“關門水”則容易使菌絲退化、早衰。