軟腐病

    軟腐病發生初期，辣椒生水漬狀暗綠色斑，后全果軟腐，具惡臭味，內部果肉腐爛，果皮變白，干縮后果實一般掛在枝條上，遇外力后即脫落。
防治：可用72％農用鏈霉素或50％DT殺菌劑或40％硫酸鏈霉素可溶性粉劑等藥劑交替噴霧，每隔7天噴1次，連噴2～3次。

    疫病

    疫病發生多數先從果蒂部染病，呈水漬狀灰綠色病斑，后迅速變褐軟腐。潮濕天氣時，表面長出稀疏的白色霉層，病果干縮不脫落。其他部位如莖杈枝葉上，常有水漬狀褐斑。
防治：可用64％殺毒礬與55％瑞毒霉混合液（兩種藥劑各加30克溶于15公斤水中），或58％甲霜靈錳鋅400～600倍液或69％安克錳鋅800～1000倍液或60％氟嗎·錳鋅750～1000倍液等交替噴霧，每隔7天噴1次，連噴2～3次。

    臍腐病

    臍腐病即果實臍部受害，初呈暗綠色水漬狀斑并迅速擴大，病部皺縮，后期表面凹陷。常因寄生其他病菌而變黑或腐爛。臍腐病的發生主要是因為高溫干旱，土壤水分供應不足，辣椒植株鈣元素供應不平衡，導致果實缺鈣。另外，偏施氮肥也會影響植株對鈣的吸收，導致果實缺鈣產生臍腐病。當土壤中含鈣量在0.2％以下時容易發生該病。

    防治：可用1％的過磷酸鈣溶液或0.1％的氯化鈣溶液噴霧。另外，如病部變黑或腐爛，可結合黑霉病或軟腐病同時防治。