病害造成的腐爛洋蔥經常發生的病害是：軟腐病（細菌性病害）和莖腐病（真菌性病害）。
防治方法

①注意輪作，忌與蔥蒜類作物重茬。栽培地盡量深耕30厘米，如用旋耕犁，則需定植前噴施免深耕，有利于根系生長發育，提高植株抗病力。

②施用腐熟的肥料，防肥料帶菌。

③盡量利用壟作。

④生長期控制氮肥施用量，施肥應氮、磷、鉀配合。

⑤鱗莖形成期注意及時排水，避免長期積水。

⑥及時防治蟲害，避免造成傷口。

⑦發病前用下列藥劑：72%農用鏈霉素4000倍液、50%琥膠肥酸銅可濕性粉劑500倍液與72%0克露可濕性粉劑600倍液、405福星乳油8000倍液交替噴施

蟲害造成的腐爛地老虎、金針蟲、地蛆等地下害蟲為害洋蔥后造成的傷口，易使霉菌侵入發生霉爛，同時能造成侵染性病害的發生。

防治方法除了灌藥防治外，4月下旬至5月上旬應在地內噴施萬靈、安打等藥劑防治成蟲的危害。

缺素造成的腐爛由于早春地溫低，土壤中按態氮積累過多，影響鈣、鉀、鎂等元素的吸收，造成缺少上述肥料元素的生理性病害發生。生長期施用氮肥過多，也會造成上述元素的缺乏。由于上述元素的缺乏，造成葉緣失綠、葉尖干枯，同時鱗莖的外部及內部的鱗片也會發生干枯、腐爛。

防治方法栽培中應注意氮、磷、鉀配合施用，生長期可根外追施高能紅鉀及0.2%硝酸鈣液，以補充鉀、鈣元素。

雨水、積水造成的腐爛洋蔥生長后期葉鞘松動，空隙較大，田間過大的積水會浸入倒伏植株的葉鞘內，雨水會浸入未倒伏植株的葉鞘中，均會造成鱗莖腐爛。

防治方法應注意排水，并及早收獲。