施足基肥移栽定植前，每畝施腐熟有機肥4000～5000kg，尿素15kg，過磷酸鈣50kg，硫酸鉀20kg，草木灰150kg。或高氮低磷高鉀型三元復合肥（20-5-20）30kg左右，過磷酸鈣每畝施50kg左右，一般將其中的2/3均勻撒施于地表，結合整地翻入，1/3施在定植溝內。如果是優質有機肥，數量較少，可與化肥混合后，以集中溝施為主。保護地冬春茬栽培，基肥施用量要適當加大。為促進根系向縱深生長，定植前要深耕。

施催苗肥 緩苗后應追施一次催苗肥，每畝穴施腐熟人糞尿250～500kg，尿素5kg，對早熟品種追肥量應稍大，以免出現“墜秧”現象，對中晚熟品種或苗齡小的秧苗要控制追肥量，以防徒長。另外，施肥穴應挖在根系即將延伸到的位置，并且不要離根太近，以免造成燒根。追施膨果肥 第一穗果開始膨大時，結合澆水，每畝施人糞尿500kg，尿素8～10kg。當第一穗果發白，第二、三穗果進入迅速膨大期時，肥水需要量達到高峰，應及時追施盛果肥。每畝隨水追施磷酸二銨25kg，硫酸鉀復合肥25～30kg，盛果期追2～3次肥后，大架秋番茄需再增加追肥1～2次，以確保中后期生長。

在番茄開花結果期，可進行根外追肥（即葉面噴肥），常用的肥料水溶液有：0.5%～1%的尿素，1%的過磷酸鈣浸出液，0.1%～0.2%的磷酸二氫鉀，0.4%～0.7%的氯化鈣等，可混合噴施或交替噴施。在第一穗果初花期和果實膨大期分別噴施濃度0.03%～0.04%的稀土水溶液，可提高坐果率，改善果實品質。

保護地栽培番茄施用氮、磷、鉀肥的量比露地稍大。為提高育苗質量和果實產量，棚室內應增施CO2，提高棚室番茄的產量。