一、根據蔬菜目標產量確定施肥量。確定大棚底肥施用數量，必須考慮土壤肥力高低和蔬菜需肥量大小等。一般氮肥總用量的30%、磷肥的80%、鉀肥的50%作為底肥，生物肥和微肥盡可能一次全部底施。如秋茬番茄產量大體在8000～9000公斤之間。在此產量范圍內每生產1000公斤番茄需吸收氮4.4公斤、五氧化二磷1.1公斤、氧化鉀4.8公斤，氮磷鉀比例為1：0.25：1.1，還需較多的鈣、硼等。其中底肥宜選高磷型肥料，追施選用低磷型肥料。底肥用量以40～50公斤為宜，氮磷鉀大體比例為1：1：0.75；追施用量75～85公斤，氮磷鉀比例為1：0.2：0.85。

二、確保有機肥用量足。 有機肥（包括農家肥、廄肥和餅肥）最適宜作底肥施用，對土壤肥力較高的老齡大棚更應注意多施一些生物有機肥作底肥。要保持棚內土壤肥力和有機質不降低或略有升高，就必須向大棚土壤中補充有機肥料。根據大棚土壤有機質的變化規律和有機氮與無機氮之比為1：0.4～1時產量最高的原則進行推算，要保持大棚土壤有機質在2.0%以上以保證較高的產量，每年應施入有機質含量為30%的有機肥料不低于2000公斤/畝才行。如要使大棚土壤有機質含量逐年提高，每年施入的30%有機肥料總量應多余2000公斤。

三、根據天氣及生長特點確定底肥施用方法。施用底肥時要以腐熟土雜肥、糞肥等大體積的粗制有機肥為主，每畝用量8～12立方，以增加土壤有機質和碳素物質，同時配合少量的優質生物有機肥（一般用量100～150公斤）和緩釋型硫酸鉀復合肥75～100公斤。采用控釋肥來調控底肥中氮肥的釋放速度，避免高溫發生旺長，防止根部病害。坐果后要分次隨水沖施含氮磷鉀的全元素肥料。