一是合理輪作換茬。在同一塊地里，不宜連茬種植小蔥，一般應一年一換。如缺少輪作條件，也應在發生銹病后，不要再繼續種植。

二是移栽前要施足基肥。每畝小蔥田可施腐熟豬糞3000公斤，45%的氮磷鉀復合肥25公斤，并在翻熟耙勻后，再移栽幼蔥。

三是提高蔥株抗病能力。除了做好抗旱，降漬等田間管理工作外，在春秋季易發病期，每畝應施碳酸氫銨15-20公斤，以促進小蔥生長，抵抗病害。

四是及時用藥防治。在春秋季，特別是在遇到連續陰雨2-3天，就要及時檢查小蔥銹病的發生情況，如果發現蔥葉上有褐綠斑點就要立即打藥，一般可用25%三唑酮乳油3000倍液，加四分之一洗衣粉，用噴霧器噴細霧，在第一次施藥后，隔7-10天需再防治一次，以提高防病效果。