在各個不同生育期，所吸收的氮、磷、鉀等營養物質的數量也有所不同，從出苗到現蕾、初花期、盛花期和成熟期吸肥量分別占總需肥量的5%、11%、34%和50%，從初花至盛花結果是辣椒營養生長和生殖生長旺盛時期，也是吸收養分和氮素最多的時期，盛花至成熟期，植株的營養生長較弱，這時對磷、鉀的需要量最多;在成熟果采收后，為了及時促進枝葉生長發育，這時又需效大數量的氮素肥。

根據辣椒需肥規律和土壤肥力的高低，溫室辣椒施肥訣竅在于重施基肥巧施追肥，具體施肥應把握以下原則：

重施有機肥

多施一些腐熟好的有機肥(如雞糞)。老齡大棚，可增施一些酵素菌肥類生物有機肥。土傳病害(特別是死棵病)嚴重的大棚，應增施一些芽孢桿菌類生物有機肥。

合理選用化肥

化肥作底肥用時盡量選用單質肥料，如尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀。追施復合肥時盡量選用含硝態氮復合肥。在育苗、移栽、定植期施用真根，生根快、毛根多，可縮短辣椒緩苗時間增加幼苗對不良環境的抵抗能力。辣椒連續坐果能力，落花少，產量高，提升品質。

合理分配基肥、追肥的比例

一般情況下，有機肥、微肥、80%的磷肥、50%的鉀肥和30%的氮肥混勻后做基肥，其余70%的氮肥、20%的磷肥和50%的鉀肥分別做追肥使用。對于部分微量元素如硼砂可葉面噴施。